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- PDB-1ef7: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CATHEPSIN X -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ef7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CATHEPSIN X
要素CATHEPSIN X
キーワードHYDROLASE / papain-like / cysteine protease / carboxypeptidase / cathepsin
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin X / cysteine-type carboxypeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity ...cathepsin X / cysteine-type carboxypeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cysteine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / specific granule lumen / cell cortex / cytoplasmic vesicle / : / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin Z / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Cathepsin Z / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Guncar, G. / Klemencic, I. / Turk, B. / Turk, V. / Karaoglanovic-Carmona, A. / Juliano, L. / Turk, D.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of cathepsin X: a flip-flop of the ring of His23 allows carboxy-monopeptidase and carboxy-dipeptidase activity of the protease.
著者: Guncar, G. / Klemencic, I. / Turk, B. / Turk, V. / Karaoglanovic-Carmona, A. / Juliano, L. / Turk, D.
履歴
登録2000年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATHEPSIN X
B: CATHEPSIN X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3542
ポリマ－54,3542
非ポリマー00
水2,126118
1
A: CATHEPSIN X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1771
ポリマ－27,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CATHEPSIN X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1771
ポリマ－27,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: CATHEPSIN X

B: CATHEPSIN X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3542
ポリマ－54,3542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.251, 92.480, 209.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 CATHEPSIN X


分子量: 27177.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: Q9UBR2, cathepsin X
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, 2-propanol, Na-HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18.8 mg/mlprotein1drop
220 mMNa acetate1drop
31 mMEDTA1drop
414.4 %PEG40001reservoir
57.2 %2-propanol1reservoir
60.072 MNa-HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→13.4 Å / Num. all: 16880 / Num. obs: 16732 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.67→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Num. unique all: 2181
反射
*PLUS
Num. measured all: 152861
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
MAIN精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.67→10 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.226 1346 random 12
obs0.183 16433 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3816 0 0 118 3934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
ソフトウェア
*PLUS
名称: MAIN / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 25.3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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