+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ef7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CATHEPSIN X | ||||||
要素 | CATHEPSIN XカテプシンX | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / papain-like (パパイン) / cysteine protease (システインプロテアーゼ) / carboxypeptidase / cathepsin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 カテプシンX / negative regulation of plasminogen activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity ...カテプシンX / negative regulation of plasminogen activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / cysteine-type peptidase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proteolysis involved in protein catabolic process / specific granule lumen / 細胞皮質 / cytoplasmic vesicle / collagen-containing extracellular matrix / ficolin-1-rich granule lumen / リソソーム / 小胞体 / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / 小胞体 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.67 Å | ||||||
データ登録者 | Guncar, G. / Klemencic, I. / Turk, B. / Turk, V. / Karaoglanovic-Carmona, A. / Juliano, L. / Turk, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of cathepsin X: a flip-flop of the ring of His23 allows carboxy-monopeptidase and carboxy-dipeptidase activity of the protease. 著者: Guncar, G. / Klemencic, I. / Turk, B. / Turk, V. / Karaoglanovic-Carmona, A. / Juliano, L. / Turk, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ef7.cif.gz | 101.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ef7.ent.gz | 84.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ef7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1ef7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1ef7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27177.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: Q9UBR2, カテプシンX #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, 2-propanol, Na-HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.67→13.4 Å / Num. all: 16880 / Num. obs: 16732 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.67→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Num. unique all: 2181 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 152861 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.67→10 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.67→10 Å
| ||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: MAIN / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 25.3 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |