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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1een | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE 1B COMPLEXED WITH ACETYL-D-A-D-BPA-PTYR-L-I-P-Q-Q-G | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / ACETYLATION / PHOSPHORYLATION / INHIBITION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / sorting endosome / mitochondrial crista / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of signal transduction / cellular response to unfolded protein / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Growth hormone receptor signaling / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Insulin receptor recycling / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of MAP kinase activity / protein phosphatase 2A binding / protein tyrosine phosphatase activity / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / early endosome / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Puius, Y.A. / Zhao, Y. / Almo, S.C. / Zhang, Z.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Structural basis of plasticity in protein tyrosine phosphatase 1B substrate recognition. 著者: Sarmiento, M. / Puius, Y.A. / Vetter, S.W. / Keng, Y.F. / Wu, L. / Zhao, Y. / Lawrence, D.S. / Almo, S.C. / Zhang, Z.Y. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Assessment of Protein-Tyrosine Phosphatase 1B Specificity Using "Inverse Alanine Scanning" 著者: Vetter, S.W. / Keng, Y.F. / Lawrence, D.S. / Zhang, Z.Y. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Molecular Basis of Substrate Specificity of Protein-Tyrosine Phosphatase 1B 著者: Sarmiento, M. / Zhao, Y. / Gordon, S.J. / Zhang, Z.Y. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: Determinants of Substrate Recognition in the Protein Tyrosine Phosphatase, Ptp1 著者: Zhang, Z.Y. / Walsh, A.B. / Wu, L. / Mcnamara, D.J. / Dobrusin, E.M. / Miller, W.T. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: Identification of a Second Aryl Phosphate-Binding Site in Protein-Tyrosine Phosphatase 1B: A Paradigm for Inhibitor Design 著者: Puius, Y.A. / Zhao, Y. / Sullivan, M. / Lawrence, D.S. / Almo, S.C. / Zhang, Z.Y. #5: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Structural Basis for Phosphotyrosine Peptide Recognition by Protein Tyrosine Phosphatase 1B 著者: Jia, Z. / Barford, D. / Flint, A.J. / Tonks, N.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1een.cif.gz | 85.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1een.ent.gz | 62.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1een.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1een ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1een | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37349.574 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-321 / 変異: C215S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PUC118-PTP1B-C215S / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P18031, protein-tyrosine-phosphatase | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1022.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED | ||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 140 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.2 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→90 Å / Num. obs: 32272 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.131 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 63.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 160542 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.7 % / Num. unique obs: 2160 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AAX 解像度: 1.9→19.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 414834.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ONLY 8 OUT OF TWELVE PEPTIDE RESIDUES ARE VISIBLE
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.02 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.364 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.282 / Rfactor obs: 0.282 |