[日本語] English
万見
- PDB-1eeh: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eeh
タイトルUDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE
要素UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE
キーワードLIGASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / MURD / ADP-FORMING ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase MurD / Mur ligase MurD-like, N-terminal domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain ...UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase MurD / Mur ligase MurD-like, N-terminal domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE / UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bertrand, J.A. / Fanchon, E. / Martin, L. / Chantalat, L. / Auger, G. / Blanot, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: "Open" structures of MurD: domain movements and structural similarities with folylpolyglutamate synthetase.
著者: Bertrand, J.A. / Fanchon, E. / Martin, L. / Chantalat, L. / Auger, G. / Blanot, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine: D-glutamate ligase from Escherichia coli
著者: Bertrand, J.A. / Auger, G. / Fanchon, E. / Martin, L. / Blanot, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Determination of the MurD mechanism through crystallographic analysis of enzyme complexes
著者: Bertrand, J.A. / Auger, G. / Martin, L. / Fanchon, E. / Blanot, D. / Le Beller, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O.
履歴
登録2000年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6402
ポリマ－46,8891
非ポリマー7501
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.840, 63.280, 114.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE


分子量: 46889.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14900, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase
#2: 化合物 ChemComp-UMA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 750.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H36N4O20P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PROTEIN SOLUTION: 9.8 mg/ml MURD, 1 mM UMA, 1 mM Sodium Azide, 1 mM DTT, 20 mM HEPES pH 7.5 RESEVOIR: 5-9 % PEG 3350 Monodisperse, 100 mM sodium Acetate pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19.8 mg/mlMurD1drop
21 mMUMA1drop
31 mM1dropNaN3
41 mMdithiothreitol1drop
520 mMHEPES1drop
65-9 %(w/v)PEG3350 monodisperse1reservoir
7100 mMsodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 1.073
検出器タイプ: XRII-CCD / 検出器: CCD / 日付: 1997年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.878→13.392 Å / Num. all: 31255 / Num. obs: 31255 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.88→1.94 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1675 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 49.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.93 Å / % possible obs: 49.1 % / Rmerge(I) obs: 0.164

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→13 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Electron density was weak for residues 111-116 and residues 220-226. In addition, residues 240-245 were not visible in the electron density and their coordinates are not included in this entry.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2034 7.2 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.226 28445 --
obs0.226 26411 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.1361 Å2 / ksol: 0.458667 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.02 Å20 Å20 Å2
2---4.17 Å20 Å2
3---1.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3237 0 49 186 3472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.512.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 274 8 %
Rwork0.224 3131 -
obs--60.3 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 13 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.2 % / Rfactor obs: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.286 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.224

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る