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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eeh | ||||||
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タイトル | UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE | ||||||
![]() | UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE | ||||||
![]() | LIGASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / MURD / ADP-FORMING ENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bertrand, J.A. / Fanchon, E. / Martin, L. / Chantalat, L. / Auger, G. / Blanot, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: "Open" structures of MurD: domain movements and structural similarities with folylpolyglutamate synthetase. 著者: Bertrand, J.A. / Fanchon, E. / Martin, L. / Chantalat, L. / Auger, G. / Blanot, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine: D-glutamate ligase from Escherichia coli 著者: Bertrand, J.A. / Auger, G. / Fanchon, E. / Martin, L. / Blanot, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O. #2: ![]() タイトル: Determination of the MurD mechanism through crystallographic analysis of enzyme complexes 著者: Bertrand, J.A. / Auger, G. / Martin, L. / Fanchon, E. / Blanot, D. / Le Beller, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 755.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 760.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46889.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P14900, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase |
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#2: 化合物 | ChemComp-UMA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PROTEIN SOLUTION: 9.8 mg/ml MURD, 1 mM UMA, 1 mM Sodium Azide, 1 mM DTT, 20 mM HEPES pH 7.5 RESEVOIR: 5-9 % PEG 3350 Monodisperse, 100 mM sodium Acetate pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: XRII-CCD / 検出器: CCD / 日付: 1997年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.073 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.878→13.392 Å / Num. all: 31255 / Num. obs: 31255 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.94 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1675 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 49.1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.93 Å / % possible obs: 49.1 % / Rmerge(I) obs: 0.164 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→13 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Electron density was weak for residues 111-116 and residues 220-226. In addition, residues 240-245 were not visible in the electron density and their coordinates are not included in this entry.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.1361 Å2 / ksol: 0.458667 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 13 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.2 % / Rfactor obs: 0.219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.286 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.224 |