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万見
- PDB-1eed: X-ray crystallographic analysis of inhibition of endothiapepsin b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eed
タイトルX-ray crystallographic analysis of inhibition of endothiapepsin by cyclohexyl renin inhibitors
要素ENDOTHIAPEPSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ASPARTIC PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(6R,7S,12R,13R,17R)-6-benzyl-12-(cyclohexylmethyl)-7,13-dihydroxy-2,2-dimethyl-17-(2-methylpropyl)- 4,10,15-trioxo-3-oxa-5,11,16-triazaoctadecan-18-oic acid / Chem-0EO / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Blundell, T.L. / Frazao, C. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: X-ray crystallographic analysis of inhibition of endothiapepsin by cyclohexyl renin inhibitors.
著者: Cooper, J. / Quail, W. / Frazao, C. / Foundling, S.I. / Blundell, T.L. / Humblet, C. / Lunney, E.A. / Lowther, W.T. / Dunn, B.M.
履歴
登録1992年6月15日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: ENDOTHIAPEPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4482
ポリマ－33,8141
非ポリマー6341
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.100, 75.700, 42.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 23 / 2: CIS PROLINE - PRO 133

-
要素

#1: タンパク質 ENDOTHIAPEPSIN


分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物 ChemComp-0EO / (2S)-2-[[(3S,4S)-5-cyclohexyl-4-[[(4S,5S)-5-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]-4-oxidanyl-6-phenyl-hexanoyl]amino] -3-oxidanyl-pentanoyl]amino]-4-methyl-pentanoic acid / PD125754


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 633.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H55N3O8
参照: (6R,7S,12R,13R,17R)-6-benzyl-12-(cyclohexylmethyl)-7,13-dihydroxy-2,2-dimethyl-17-(2-methylpropyl)- 4,10,15-trioxo-3-oxa-5,11,16-triazaoctadecan-18-oic acid
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE INHIBITOR PD125754 EXTENDS FROM P4 TO P2'. THE INHIBITOR HAS A TERT-BUTYL OXY CARBONYL (BOG) AT ...THE INHIBITOR PD125754 EXTENDS FROM P4 TO P2'. THE INHIBITOR HAS A TERT-BUTYL OXY CARBONYL (BOG) AT P4, A PHE-GLY DIPEPTIDE HYDROXYETHYLENE ANALOGUE (FOG)AT P3-P2, A CYCLOHEXYL STATINE (CHS) AT P1-P1', A LEUCINE AT P2' AND A DIAMINOMETHYLBENZENE AT P3' WHICH COULD NOT BE LOCATED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Moews, P., (1970) J. Mol. Biol., 54, 395. / PH range low: 6.3 / PH range high: 4.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.2 Mammonium sulfate11
30.1 Msodium dihydrogen11
2acetate11can be replaced with phosphate

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 18024 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 88024 / Rmerge(I) obs: 0.095

-
解析

ソフトウェア名称: RESTRAIN / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.152 / 最高解像度: 2 Å
詳細: THE ATOMIC TEMPERATURE FACTORS IN THIS ENTRY ARE GIVEN AS U VALUES NOT B VALUES. B VALUES MAY BE CALCULATED BY THE THE FOLLOWING: BISO (BISO = 8 PI==2== UISO).
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2389 0 45 278 2712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: RESTRAIN / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.152
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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