+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ecy | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PROTEASE INHIBITOR ECOTIN | ||||||||||||
要素 | ECOTIN | ||||||||||||
キーワード | PROTEASE INHIBITOR / BETA-SHEET STRUCTURE / SERINE PROTEASE INHIBITOR / PERIPLASMIC | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shin, D.H. / Suh, S.W. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure analyses of uncomplexed ecotin in two crystal forms: implications for its function and stability. 著者: Shin, D.H. / Song, H.K. / Seong, I.S. / Lee, C.S. / Chung, C.H. / Suh, S.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of the Protease Inhibitor Ecotin 著者: Shin, D.H. / Hwang, K.Y. / Kim, K.K. / Lee, H.R. / Lee, C.S. / Chung, C.H. / Suh, S.W. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ecy.cif.gz | 52.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ecy.ent.gz | 39.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ecy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ecy_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ecy_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ecy_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ecy_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ecy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ecy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 81分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16120.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ESCHERICHIA COLI PROTEASE INHIBITOR / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PBS / 遺伝子 (発現宿主): ETI GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23827 |
---|---|
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-糖 , 4種, 18分子
#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose #3: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-GLC / #5: 糖 | ChemComp-BGC / | |
---|
-詳細
Has protein modification | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 22.5-23.5 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月24日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→84 Å / Num. obs: 8537 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.29 Å / % possible all: 73.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.2 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: ECOTIN PART OF ECOTIN-TRYPSIN COMPLEX 解像度: 2.19→6 Å / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|