ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
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精密化 | 解像度: 2.7→34.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2258073.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.256 | 1661 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.207 | - | - | - |
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obs | 0.207 | 33510 | 99.2 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.29 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 3.27 Å2 | 5.39 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 3.27 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -6.55 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.38 Å | 0.3 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.47 Å | 0.37 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.04 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5717 | 0 | 42 | 179 | 5938 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.07 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.14 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.9 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.7 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.56 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.334 | 270 | 4.9 % |
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Rwork | 0.284 | 5215 | - |
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obs | - | - | 99.3 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | PLP.CNS.PARAMPLP.CNS.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER.PARAMWATER.TOP | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 36.5 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg21.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.07 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.334 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.284 |
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