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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ec5 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF FOUR-HELIX BUNDLE MODEL | ||||||
![]() | PROTEIN (FOUR-HELIX BUNDLE MODEL) | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / ALPHA-HELICAL BUNDLE / PROTEIN DESIGN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Geremia, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inaugural article: retrostructural analysis of metalloproteins: application to the design of a minimal model for diiron proteins. 著者: Lombardi, A. / Summa, C.M. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / DeGrado, W.F. #1: ![]() タイトル: Tertiary Templates for the Design of Diiron Protein 著者: Summa, C.M. / Lombardi, A. / Lewis, M. / Degrado, W.F. #2: ![]() タイトル: De Novo Design and Structural Characterization of Proteins and Metalloproteins 著者: Degrado, W.F. / Summa, C.M. / Pavone, V. / Nastri, F. / Lombardi, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5870.894 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: De novo protein design #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM AN AMMONIUM SULFATE 2M SOLUTION, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月9日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.973 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→17.4 Å / Num. obs: 23396 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 10.7 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 48 / % possible all: 96.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 4717 / % possible obs: 95.5 % / Num. measured all: 23396 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: THEORETICAL MODEL 解像度: 2.5→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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拘束条件 |
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