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- PDB-1ebu: HOMOSERINE DEHYDROGENASE COMPLEX WITH NAD ANALOGUE AND L-HOMOSERINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ebu
タイトルHOMOSERINE DEHYDROGENASE COMPLEX WITH NAD ANALOGUE AND L-HOMOSERINE
要素HOMOSERINE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / homoserine / dehydrogenase / dinucleotide / ternary / analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate family amino acid biosynthetic process / homoserine dehydrogenase / homoserine dehydrogenase activity / homoserine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / NAD+ binding / NADP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase I / Homoserine dehydrogenase lacking ACT domain / Homoserine dehydrogenase, conserved site / Homoserine dehydrogenase signature. / Homoserine dehydrogenase, catalytic / Homoserine dehydrogenase / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase I / Homoserine dehydrogenase lacking ACT domain / Homoserine dehydrogenase, conserved site / Homoserine dehydrogenase signature. / Homoserine dehydrogenase, catalytic / Homoserine dehydrogenase / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-HOMOSERINE / 3-AMINOMETHYL-PYRIDINIUM-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Homoserine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者DeLaBarre, B. / Thompson, P.R. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of homoserine dehydrogenase suggest a novel catalytic mechanism for oxidoreductases.
著者: DeLaBarre, B. / Thompson, P.R. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of homoserine dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae
著者: DeLaBarre, B. / Jacques, S.L. / Pratt, C.E. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2000年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMOSERINE DEHYDROGENASE
B: HOMOSERINE DEHYDROGENASE
C: HOMOSERINE DEHYDROGENASE
D: HOMOSERINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,51610
ポリマ－153,6554
非ポリマー8616
水6,323351
1
A: HOMOSERINE DEHYDROGENASE
B: HOMOSERINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8744
ポリマ－76,8282
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area29260 Å2
手法PISA
2
C: HOMOSERINE DEHYDROGENASE
D: HOMOSERINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6426
ポリマ－76,8282
非ポリマー8154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area29030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.780, 104.090, 120.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains 2 dimers: A/B and C/D. The ternary complex is found in the D chain protomer

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要素

#1: タンパク質
HOMOSERINE DEHYDROGENASE


分子量: 38413.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HOM6P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31116, homoserine dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NDA / 3-AMINOMETHYL-PYRIDINIUM-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 649.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O13P2
#4: 化合物 ChemComp-HSE / L-HOMOSERINE / ホモセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8K, L-homoserine, 3-aminopyridine dinucleotide, sodium cacodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1dropor 10 mM HEPES
320 mM1dropCaCl2
42.0 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 218 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 44409 / Num. obs: 164716 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Num. unique all: 4392 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.6→39.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1625863.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Model refined against amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 3998 9.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.217 44409 --
obs0.215 44116 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20 Å28.79 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----2.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10840 956 55 352 12203
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 659 9.1 %
Rwork0.3 6567 -
obs--97.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2NDA_HSE.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMNDA_HSE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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