[日本語] English
万見
- PDB-1e9t: High resolution solution structure of human intestinal trefoil factor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e9t
タイトルHigh resolution solution structure of human intestinal trefoil factor
要素INTESTINAL TREFOIL FACTOR
キーワードCELL MOTILITY FACTOR / INTESTINAL TREFOIL FACTOR / SOLUTION STRUCTURE / TREFOIL DOMAIN / NMR SPECTROSCOPY
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of gastrointestinal epithelium / regulation of glucose metabolic process / secretory granule / Estrogen-dependent gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
P-type trefoil, chordata / Spasmolytic Protein, domain 1 / Spasmolytic Protein; domain 1 / P-type trefoil, conserved site / P-type 'Trefoil' domain signature. / Trefoil (P-type) domain / P-type trefoil domain / P-type trefoil domain superfamily / P-type 'Trefoil' domain profile. / P or trefoil or TFF domain ...P-type trefoil, chordata / Spasmolytic Protein, domain 1 / Spasmolytic Protein; domain 1 / P-type trefoil, conserved site / P-type 'Trefoil' domain signature. / Trefoil (P-type) domain / P-type trefoil domain / P-type trefoil domain superfamily / P-type 'Trefoil' domain profile. / P or trefoil or TFF domain / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS
データ登録者Lemercinier, X. / Muskett, F. / Cheeseman, B. / McIntosh, P. / Carr, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: High-Resolution Solution Structure of Human Intestinal Trefoil Factor and Functional Insights from Detailed Structural Comparisons with the Other Members of the Trefoil Family of ...タイトル: High-Resolution Solution Structure of Human Intestinal Trefoil Factor and Functional Insights from Detailed Structural Comparisons with the Other Members of the Trefoil Family of Mammalian Cell Motility Factors
著者: Lemercinier, X. / Muskett, F.W. / Cheeseman, B. / Mcintosh, P.B. / Thim, L. / Carr, M.D.
履歴
登録2000年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Other
改定 1.22020年1月15日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: SEQUENTIAL AND MEDIUM-RANGE NOE PATTERN, AND KABSCH AND SANDER ... HELIX DETERMINATION METHOD: SEQUENTIAL AND MEDIUM-RANGE NOE PATTERN, AND KABSCH AND SANDER ALGORITHM IN MOLMOL
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: PATTERN OF SEQUENTIAL AND LONG-RANGE NOES

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: INTESTINAL TREFOIL FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5871
ポリマ－6,5871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)85 / 100CONSISTENCY WITH THE NMR STRUCTURAL DATA
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: タンパク質 INTESTINAL TREFOIL FACTOR / HITF


分子量: 6587.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: RECOMBINANT HITF PRODUCED IN A YEAST EXPRESSION VECTOR.
プラスミド: PHW 1066 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): MT-663 / 参照: UniProt: Q07654
構成要素の詳細THE PROTEIN CONTAINS A 21 RESIDUE SIGNAL SEQUENCE MAY HAVE A ROLE IN PROMOTING CELL MIGRATION.
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121ROESY
131TOCSY AND DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FROM 2D 1H NMR DATA ACQUIRED FROM SAMPLES OF HITF

-
試料調製

試料状態イオン強度: 25 MM POTASSIUM PHOSPHATE AND 100 MM POTASSIUM CHLORIDE
pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
DYANAGUNTERT,WUTHRICH精密化
XEASY構造決定
DYANA構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: AFTER THE FINAL DYANA CALCULATIONS, 85 SATISFACTORILY CONVERGED HITF STRUCTURES WERE OBTAINED FROM 100 RANDOM STARTING CONFORMATIONS. THE CONVERGED STRUCTURES CONTAIN NO DISTANCE CONSTRAINT ...詳細: AFTER THE FINAL DYANA CALCULATIONS, 85 SATISFACTORILY CONVERGED HITF STRUCTURES WERE OBTAINED FROM 100 RANDOM STARTING CONFORMATIONS. THE CONVERGED STRUCTURES CONTAIN NO DISTANCE CONSTRAINT OR VAN DER WAALS VIOLATIONS GREATER THAN 0.5 A AND NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS GREATER THAN 5 DEGREES, WITH AN AVERAGE VALUE FOR THE DYANA TARGET FUNCTION OF 4.33.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: CONSISTENCY WITH THE NMR STRUCTURAL DATA
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 85

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る