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万見
- PDB-1e9j: SOLUTION STRUCTURE OF THE A-SUBUNIT OF HUMAN CHORIONIC GONADOTROP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e9j
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE A-SUBUNIT OF HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN [INCLUDING A SINGLE GLCNAC RESIDUE AT ASN52 AND ASN78]
要素CHORIONIC GONADOTROPIN
キーワードGLYCOPROTEIN / CHORIONIC GONADOTROPIN / HCG / XPLOR
機能・相同性
機能・相同性情報


follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of steroid biosynthetic process / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / Glycoprotein hormones / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway ...follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of steroid biosynthetic process / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / Glycoprotein hormones / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / Hormone ligand-binding receptors / Androgen biosynthesis / follicle-stimulating hormone signaling pathway / negative regulation of organ growth / thyroid hormone generation / regulation of signaling receptor activity / organ growth / thyroid gland development / hormone-mediated signaling pathway / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / hormone activity / Golgi lumen / G alpha (s) signalling events / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein hormones alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / DG, SA
データ登録者Erbel, P.J.A. / Karimi-Nejad, Y. / van Kuik, J.A. / Boelens, R. / Kamerling, J.P. / Vliegenthart, J.F.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Effects of the N-linked glycans on the 3D structure of the free alpha-subunit of human chorionic gonadotropin.
著者: Erbel, P.J. / Karimi-Nejad, Y. / van Kuik, J.A. / Boelens, R. / Kamerling, J.P. / Vliegenthart, J.F.
履歴
登録2000年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22017年7月12日Group: Advisory / カテゴリ: database_PDB_caveat
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_nat
Item: _audit_author.name / _citation.page_last ..._audit_author.name / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_nat.details
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHORIONIC GONADOTROPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6603
ポリマ－10,2181
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 100
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 CHORIONIC GONADOTROPIN


分子量: 10217.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM URINE OF PREGNANT WOMEN / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01215
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: STRUCTURAL STATISTICS FOR THE FAMILY OF 27 AHCG CONFORMERS EXCLUDE THE FLEXIBLE LOOP AND ENDS, SEGMENTS 1-10, 29-58 AND 85-92 (SEE REFERENCE)

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試料調製

試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 5.1 / 温度: 328 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AMXBrukerAMX6002
Varian UNITYVarianUNITY7503

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DG, SA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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