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万見
- PDB-1e90: Structure determinants of phosphoinositide 3-kinase inhibition by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+90
タイトルStructure determinants of phosphoinositide 3-kinase inhibition by wortmannin, LY294002, quercetin, myricetin and staurosporine
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT
キーワードPHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE GAMMA / SECONDARY MESSENGER GENERATION / PI3K / PI 3K / MYRICETIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / phosphatidylinositol-mediated signaling ...phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / immune system process / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endocytosis / chemotaxis / cell migration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / angiogenesis / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / inflammatory response / protein serine kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MYC / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Walker, E.H. / Pacold, M.E. / Perisic, O. / Stephens, L. / Hawkins, P.T. / Wymann, M.P. / Williams, R.L.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Structural Determinations of Phosphoinositide 3-Kinase Inhibition by Wortmannin, Ly294002, Quercetin, Myricetin and Staurosporine
著者: Walker, E.H. / Pacold, M.E. / Perisic, O. / Stephens, L. / Hawkins, P.T. / Whymann, M.P. / Williams, R.L.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structural Insights Into Phosphoinositide 3-Kinase Catalysis and Signalling
著者: Walker, E.H. / Perisic, O. / Ried, C. / Stephens, L. / Williams, R.L.
履歴
登録2000年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2712
ポリマ－109,9531
非ポリマー3181
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)143.679, 67.735, 106.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT / PTDINS-3-KINASE P110 / PI3K


分子量: 109952.555 Da / 分子数: 1 / 断片: PI3-KINASE P110 SUBUNIT GAMMA / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MYRICETIN / 由来: (組換発現) SUS SCROFA (ブタ) / Cell: NEUTROPHIL / 遺伝子: P120S144C / プラスミド: PACHLT-C / 遺伝子 (発現宿主): P120S144C
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: O02697, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-MYC / 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / 2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / 3,3',4',5,5',7-HEXAHYDROXYFLAVONE / MYRICETIN / CANNABISCETIN / ミリセチン


分子量: 318.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O8
配列の詳細FUTHER DATA COLLECTION AND REFINEMENT AFTER THE ORIGINAL DEPOSITION OF 1QMM SUGGESTED A REGISTER ...FUTHER DATA COLLECTION AND REFINEMENT AFTER THE ORIGINAL DEPOSITION OF 1QMM SUGGESTED A REGISTER SHIFT IN THE ELECTRON DENSITY IN THE RAS BINDING DOMAIN. THEREFORE THE ELECTRON DENSITY THAT USED TO CORRESPOND TO RESIDUES 231 TO 256 NOW CORRESPONDS TO RESIDUES 228 TO 253. THE NATIVE PROTEIN WAS MUTATED BY DELETION OF RESIDUES 1-143. THE RESIDUE 143 LISTED HERE IS FROM THE HIS-TAG, AFTER THROMBIN CLEAVAGE. ALSO RESEQUENCING OF THE ORIGINAL CLONE SHOWED THAT RESIDUE 505 IS REALLY ALA, NOT ARG AS REPORTED IN THE SWS DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.851 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化pH: 7.25 / 詳細: 14% PEG 4000, 0.2 M LI2SO4, 0.1 M TRIS PH 7.25
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used hair seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris1reservoir
2250 mMammonium sulfate1reservoir
319 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.3 Å / Num. obs: 28095 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 17.14
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.63 / Rsym value: 0.403 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 95921
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QMM

1qmm
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.7→39.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1549004.37 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 1753 6.2 %RANDOM
Rwork0.272 ---
obs0.272 28093 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.64 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.3 Å20 Å21.2 Å2
2---21.2 Å20 Å2
3---8.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6839 0 23 0 6862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.496 157 5.6 %
Rwork0.471 2606 -
obs--94 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2MYR.PARMYR.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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