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- PDB-3r7r: Structure-based design of thienobenzoxepin inhibitors of PI3-Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r7r
タイトルStructure-based design of thienobenzoxepin inhibitors of PI3-Kinase
要素Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase p110 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / T cell chemotaxis / regulation of calcium ion transmembrane transport ...negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / T cell chemotaxis / regulation of calcium ion transmembrane transport / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Co-stimulation by ICOS / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / dendritic cell chemotaxis / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / phosphatidylinositol-mediated signaling / hepatocyte apoptotic process / regulation of cell adhesion mediated by integrin / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of Rac protein signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / GPVI-mediated activation cascade / cellular response to cAMP / ephrin receptor binding / neutrophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of MAP kinase activity / T cell activation / positive regulation of cytokine production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / platelet aggregation / endocytosis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / angiogenesis / adaptive immune response / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / innate immune response / protein serine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FAZ / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Murray, J.M. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Structure-based design of thienobenzoxepin inhibitors of PI3-kinase.
著者: Staben, S.T. / Siu, M. / Goldsmith, R. / Olivero, A.G. / Do, S. / Burdick, D.J. / Heffron, T.P. / Dotson, J. / Sutherlin, D.P. / Zhu, B.Y. / Tsui, V. / Le, H. / Lee, L. / Lesnick, J. / Lewis, ...著者: Staben, S.T. / Siu, M. / Goldsmith, R. / Olivero, A.G. / Do, S. / Burdick, D.J. / Heffron, T.P. / Dotson, J. / Sutherlin, D.P. / Zhu, B.Y. / Tsui, V. / Le, H. / Lee, L. / Lesnick, J. / Lewis, C. / Murray, J.M. / Nonomiya, J. / Pang, J. / Prior, W.W. / Salphati, L. / Rouge, L. / Sampath, D. / Sideris, S. / Wiesmann, C. / Wu, P.
履歴
登録2011年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1542
ポリマ－110,7271
非ポリマー4271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.792, 67.868, 106.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol-4 / 5- ...PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol-4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit gamma / PtdIns-3-kinase subunit p110-gamma / p120-PI3K


分子量: 110727.102 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 144-1102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG / Cell (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-FAZ / 8-(acetylamino)-N-(2-chlorophenyl)-N-methyl-4,5-dihydrothieno[3,2-d][1]benzoxepine-2-carboxamide


分子量: 426.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClN2O3S

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, 0.2M NH4SO4, 0.1M Tris-HCl 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211
21
検出器
タイプID検出器日付
MAR1CCD2007年5月17日
ADSC2CCD2007年11月6日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLEx-ray1
2SINGLEx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 34114 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.592.40.5491,294.6
2.59-2.692.70.4681,298.6
2.69-2.822.90.3461,299.2
2.82-2.962.90.2281,299.2
2.96-3.152.90.1471,299.3
3.15-3.392.90.0871,299.3
3.39-3.732.90.0541,299.4
3.73-4.272.90.0381,299.6
4.27-5.382.80.0281,299.6
5.38-502.70.0231,297.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_806精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3e8x

3e8x


解像度: 2.9→19.927 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.62 / SU R Cruickshank DPI: 0.6749 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.89 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 1179 5.15 %
Rwork0.207 --
obs0.2094 22879 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.774 Å2 / ksol: 0.272 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6067 Å20 Å27.4414 Å2
2--2.6581 Å2-0 Å2
3----6.2648 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6775 0 29 0 6804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5629408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9552581
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1161055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.03160.34391590.28472678X-RAY DIFFRACTION100
3.0316-3.19080.31431570.27582702X-RAY DIFFRACTION100
3.1908-3.38980.34131200.26022720X-RAY DIFFRACTION100
3.3898-3.650.3071550.23842690X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.01460.23731440.21332714X-RAY DIFFRACTION100
4.0146-4.58940.19461560.17832693X-RAY DIFFRACTION100
4.5894-5.75890.26971470.18982743X-RAY DIFFRACTION100
5.7589-19.92710.23141410.19332760X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.8851 Å / Origin y: 47.0431 Å / Origin z: 26.4657 Å
111213212223313233
T-0.0941 Å20.0309 Å20.0152 Å2--0.3167 Å20.0125 Å2---0.2466 Å2
L4.1281 °2-0.6136 °20.583 °2-1.1076 °2-0.0931 °2--2.045 °2
S-0.1221 Å °-0.353 Å °0.0495 Å °0.2687 Å °0.1715 Å °0.2089 Å °-0.2518 Å °-0.1837 Å °-0.0494 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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