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万見
- PDB-1e7w: One active site, two modes of reduction correlate the mechanism o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e7w
タイトルOne active site, two modes of reduction correlate the mechanism of leishmania pteridine reductase with pterin metabolism and antifolate drug resistance in trpanosomes
要素PTERIDINE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIHYDROFOLATE REDUCTASE / PTERIDINE REDUCTASE / SHORTCHAIN DEHYDROGENASE / METHOTREXATE RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / pteridine reductase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / response to methotrexate / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / Chem-NDP / Pteridine reductase 1 / Pteridine reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gourley, D.G. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Pteridine Reductase Mechanism Correlates Pterin Metabolism with Drug Resistance in Trypanosomatid Parasites.
著者: Gourley, D.G. / Schuttelkopf, A. / Leonard, G. / Luba, J. / Hardy, L. / Beverley, S. / Hunter, W.N.
履歴
登録2000年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTERIDINE REDUCTASE
B: PTERIDINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0329
ポリマ－61,4462
非ポリマー2,5867
水8,575476
1
A: PTERIDINE REDUCTASE
B: PTERIDINE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: PTERIDINE REDUCTASE
B: PTERIDINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,06318
ポリマ－122,8914
非ポリマー5,17214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.312, 80.800, 90.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.493, 0.87), (0.87, 0.493, -0.005), (-0.004, -0.002, -1)
ベクター: 0.02054, 0.04453, 41.8347)
詳細BIOMOLECULE

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要素

#1: タンパク質 PTERIDINE REDUCTASE


分子量: 30722.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
株: CC-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: Q9U1F8, UniProt: Q01782*PLUS, EC: 1.1.1.253
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE


分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EXTRA GLY-SER-HIS SEQUENCE EXTENSION ON N-TERMINAL DISCREPANCIES WITH SEQUENCE IN DATA BASE AS ...EXTRA GLY-SER-HIS SEQUENCE EXTENSION ON N-TERMINAL DISCREPANCIES WITH SEQUENCE IN DATA BASE AS ERROR REVEALLED IN ORIGINAL SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化pH: 5.4 / 詳細: pH 5.40

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87, 0.886, 0.97950, 0.97960
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
20.8861
30.97951
40.97961
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 59475 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rsym value: 0.45 / Net I/σ(I): 24.6

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→30 Å / SU B: 2.827 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.127
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 3016 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs-56168 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3917 0 174 476 4567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.7992
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.5643
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.2292
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.3753
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0030.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2220.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1820.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.280.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1440.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.6293
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.77615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor27.61520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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