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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e6u | ||||||
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タイトル | GDP 4-keto-6-deoxy-D-mannose epimerase reductase | ||||||
要素 | GDP-FUCOSE SYNTHETASE | ||||||
キーワード | EPIMERASE/REDUCTASE / SDR / RED / EPIMERASE-REDUCTASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / colanic acid biosynthetic process / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / isomerase activity / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Rosano, C. / Izzo, G. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Probing the Catalytic Mechanism of Gdp-4-Keto-6-Deoxy-D-Mannose Epimerase/Reductase by Kinetic and Crystallographic Characterization of Site-Specific Mutants 著者: Rosano, C. / Bisso, A. / Izzo, G. / Tonetti, M. / Sturla, L. / De Flora, A. / Bolognesi, M. #1: ジャーナル: Croatica Chemica Acta / 年: 2000 タイトル: The High Resolution Structure of Gdp 4-Keto-6-Deoxy-D-Mannose Epimerase/Reductase 著者: Rosano, C. / Izzo, G. / Sturla, L. / Bisso, A. / Tonetti, M. / Bolognesi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e6u.cif.gz | 91.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e6u.ent.gz | 66.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/1e6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/1e6u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: DIMERIC |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36186.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UNKNOWN MOLECULE LABELED AS ACETYLPHOSPHATE / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P32055, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ(光学異性の転換); 炭水化物およびその類縁体に作用 |
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-非ポリマー , 5種, 379分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAP / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-UVW / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-TRS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | FUNCTION: TWO STEP NADP-DEPENDENT CONVERSION OF GDP-4-DEHYDRO-6- DEOXY-D-MANNOSE TO GDP-FUCOSE. ...FUNCTION: TWO STEP NADP-DEPENDENT CONVERSION |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / pH: 6.5 / 詳細: 1.5 M LITHIUM SULPHATE, PH 6.5 0.1M TRIS BUFFER 21C | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / 手法: unknown / PH range low: 7.8 / PH range high: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.855 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.855 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→100 Å / Num. obs: 80994 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 99 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BWS 解像度: 1.45→10 Å / SU B: 0.66156 / SU ML: 0.02616 / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.049
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.167 / Rfactor Rwork: 0.127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |