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万見
- PDB-1e6u: GDP 4-keto-6-deoxy-D-mannose epimerase reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e6u
タイトルGDP 4-keto-6-deoxy-D-mannose epimerase reductase
要素GDP-FUCOSE SYNTHETASE
キーワードEPIMERASE/REDUCTASE / SDR / RED / EPIMERASE-REDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / colanic acid biosynthetic process / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / isomerase activity / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GDP-L-fucose synthase/GDP-L-colitose synthase / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / ACETYLPHOSPHATE / GDP-L-fucose synthase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Rosano, C. / Izzo, G. / Bolognesi, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Probing the Catalytic Mechanism of Gdp-4-Keto-6-Deoxy-D-Mannose Epimerase/Reductase by Kinetic and Crystallographic Characterization of Site-Specific Mutants
著者: Rosano, C. / Bisso, A. / Izzo, G. / Tonetti, M. / Sturla, L. / De Flora, A. / Bolognesi, M.
#1: ジャーナル: Croatica Chemica Acta / 年: 2000
タイトル: The High Resolution Structure of Gdp 4-Keto-6-Deoxy-D-Mannose Epimerase/Reductase
著者: Rosano, C. / Izzo, G. / Sturla, L. / Bisso, A. / Tonetti, M. / Bolognesi, M.
履歴
登録2000年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_entry_details ...database_PDB_caveat / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-FUCOSE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5768
ポリマ－36,1861
非ポリマー1,3907
水6,702372
1
A: GDP-FUCOSE SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: GDP-FUCOSE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,15216
ポリマ－72,3722
非ポリマー2,78014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area3590 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area30740 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.800, 102.800, 74.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2160-

HOH

詳細BIOLOGICAL_UNIT: DIMERIC

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GDP-FUCOSE SYNTHETASE / GDP-4-KETO 6-DEOXY-MANNOSE 3 / 5-EPIMERASE 4-REDUCTASE / MER


分子量: 36186.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UNKNOWN MOLECULE LABELED AS ACETYLPHOSPHATE / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P32055, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用

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非ポリマー , 5種, 379分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-UVW / ACETYLPHOSPHATE


分子量: 140.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5O5P
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細FUNCTION: TWO STEP NADP-DEPENDENT CONVERSION OF GDP-4-DEHYDRO-6- DEOXY-D-MANNOSE TO GDP-FUCOSE. ...FUNCTION: TWO STEP NADP-DEPENDENT CONVERSION OF GDP-4-DEHYDRO-6- DEOXY-D-MANNOSE TO GDP-FUCOSE. PATHWAY: INVOLVED IN THE BIOSYNTHESIS OF THE SLIME POLYSACCHARIDE COLANIC ACID. SECOND AND THIRD OF THE THREE STEPS IN THE BIOSYNTHESIS OF GDP-FUCOSE FROM GDP-MANNOSE. SUBUNIT: HOMODIMER. SUBCELLULAR LOCATION: CYTOPLASMIC. SIMILARITY: TO A.CAULINODANS NOLK AND TO MOUSE P35B. SIMILARITY: STRONG, TO Y.ENTEROCOLITICA WBCJ.
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 %
結晶化温度: 294 K / pH: 6.5 / 詳細: 1.5 M LITHIUM SULPHATE, PH 6.5 0.1M TRIS BUFFER 21C
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: unknown / PH range low: 7.8 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111-20 mg/mlprotein11
21.5 Mlithium sulfate12
30.1 MMES12or Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.855
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→100 Å / Num. obs: 80994 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 99
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BWS

1bws


解像度: 1.45→10 Å / SU B: 0.66156 / SU ML: 0.02616 / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.049
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 4017 5 %RANDOM
Rwork0.135 ---
obs-75989 98.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2491 0 84 372 2947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.167 / Rfactor Rwork: 0.127
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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