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- PDB-1e6e: ADRENODOXIN REDUCTASE/ADRENODOXIN COMPLEX OF MITOCHONDRIAL P450 S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e6e
タイトルADRENODOXIN REDUCTASE/ADRENODOXIN COMPLEX OF MITOCHONDRIAL P450 SYSTEMS
要素
  • ADRENODOXIN
  • NADPH\:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / ELECTRON TRANSFERASE / [2FE-2S]FERREDOXIN / ADRENODOXIN / ELECTRON TRANSPORT / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


adrenodoxin-NADP+ reductase / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Endogenous sterols / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / ferredoxin-NADP+ reductase activity / ubiquinone biosynthetic process ...adrenodoxin-NADP+ reductase / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Endogenous sterols / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / ferredoxin-NADP+ reductase activity / ubiquinone biosynthetic process / steroid biosynthetic process / cholesterol metabolic process / cellular response to forskolin / cellular response to cAMP / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin-NADP+ reductase, adrenodoxin-type / : / Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Beta-grasp domain superfamily ...Ferredoxin-NADP+ reductase, adrenodoxin-type / : / Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Adrenodoxin, mitochondrial / NADPH:adrenodoxin oxidoreductase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mueller, J.J. / Lapko, A. / Bourenkov, G. / Ruckpaul, K. / Heinemann, U.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Adrenodoxin Reductase-Adrenodoxin Complex Structure Suggests Electron Transfer Path in Steroid Biosynthesis.
著者: Mueller, J.J. / Lapko, A. / Bourenkov, G. / Ruckpaul, K. / Heinemann, U.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray Structure of Bovine Adrenodoxin Reductase -Adrenodoxin Complex at 2.5 A Resolution: The First Three-Dimensional Structure of a Complex of Two Components of the Steroidogenic ...タイトル: X-Ray Structure of Bovine Adrenodoxin Reductase -Adrenodoxin Complex at 2.5 A Resolution: The First Three-Dimensional Structure of a Complex of Two Components of the Steroidogenic Electron Transport System in Adrenal Cortex Mitochondria
著者: Mueller, J.J. / Lapko, A. / Bourenkov, G. / Mueller, E.C. / Otto, A. / Ruckpaul, K. / Heinemann, U.
#2: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 1997
タイトル: Preparation and Crystallization of a Cross-Linked Complex of Bovine Adrenodoxin and Adrenodoxin Reductase
著者: Lapko, A. / Mueller, A. / Heese, O. / Ruckpaul, K. / Heinemann, U.
履歴
登録2000年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH\:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE
B: ADRENODOXIN
C: NADPH\:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE
D: ADRENODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,18713
ポリマ－128,7844
非ポリマー2,4039
水4,936274
1
A: NADPH\:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE
B: ADRENODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6427
ポリマ－64,3922
非ポリマー1,2505
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-57.4 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
2
C: NADPH\:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE
D: ADRENODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5466
ポリマ－64,3922
非ポリマー1,1534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area23900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.210, 92.210, 607.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NADPH\:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE / AR / ADRENODOXIN REDUCTASE / FERREDOXIN--NADP(+) REDUCTASE FERREDOXIN REDUCTASE / ADR / ADRENODOXIN REDUCTASE


分子量: 50360.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT CROSSLINK BETWEEN LYS27 OF ADR AND ASP39 OF ADX
由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: STEROIDOGENIC TISSUES / Cell: MITOCHONDRION
細胞内の位置: ATTACHED TO INNER MITOCHONDRIAL MEMBRANE
器官: ADRENAL GLAND / Organelle: MITOCHONDRIAL MATRIX / プラスミド: PBAR1607 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P08165, ferredoxin-NADP+ reductase, adrenodoxin-NADP+ reductase
#2: タンパク質 ADRENODOXIN / ADRENAL FERREDOXIN / FERREDOXIN-1 / HEPATO-FERREDOXIN / ADX / A DRENODOXIN


分子量: 14031.734 Da / 分子数: 2 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT CROSSLINK BETWEEN LYS27 OF ADR AND ASP39 OF ADX
由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: STEROIDOGENIC TISSUES / Cell: MITOCHONDRION / 器官: ADRENAL GLAND / Organelle: MITOCHONDRIAL MATRIX / プラスミド: PKKHC, PMIXT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00257

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非ポリマー , 4種, 283分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CHAIN B, D ENGINEERED MUTATION SER1GLY REDUCED ADRENODOXIN + NADP(+) = OXIDIZED ADRENODOXIN + NADPH ...CHAIN B, D ENGINEERED MUTATION SER1GLY REDUCED ADRENODOXIN + NADP(+) = OXIDIZED ADRENODOXIN + NADPH THE COVALENT CROSSLINK BETWEEN ASP39CG OF ADX AND LYS27NZ OF ADR WAS MEDIATED BY 1-ETHYL-3-(3-DIMETHYLAMINOPROPYL) CARBODIIMIDE (EDC) ADRENODOXIN TRANSFER ELECTRONS FROM ADRENODOXIN REDUCTASE TO THE CHOLESTEROL SIDE CHAIN CLEAVAGE CYTOCHROME P450
配列の詳細FIRST 32 RESIDUES OF ADR SWISS-PROT SEQUENCE REFER TO A MITOCHONDRIAL LEADER SEQUENCE THAT WAS ...FIRST 32 RESIDUES OF ADR SWISS-PROT SEQUENCE REFER TO A MITOCHONDRIAL LEADER SEQUENCE THAT WAS CLEAVED WHEN CLONED. FIRST 58 RESIDUES OF ADX SWISS-PROT PRECURSOR SEQUENCE WERE CLEAVED WHEN CLONED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE.
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Lapko, A., (1997) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 28, 289.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11 mMcomplex1drop
2100 mMTris-HCl1droppH7.4
31.9 Mammonium sulfate1drop
41.9 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.046
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.046 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 55229 / % possible obs: 79.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 11 / Rsym value: 0.11 / % possible all: 56
反射
*PLUS
Num. measured all: 201839 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56 % / Rmerge(I) obs: 0.12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1AYF AND 1CJC

1ayf

1cjc


解像度: 2.3→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 4745426 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 2791 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 55229 79.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.9964 Å2 / ksol: 0.348512 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å24.19 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8699 0 139 274 9112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.244
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.155
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.829
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.854
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 300 4.7 %
Rwork0.249 6049 -
obs--55.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_BREAK.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FAD.PARFAD.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.993
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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