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- PDB-1e6d: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH TRP M115 REPLACED WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e6d
タイトルPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH TRP M115 REPLACED WITH PHE (CHAIN M, WM115F) PHE M197 REPLACED WITH ARG (CHAIN M, FM197R)
要素(PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / TRANSMEMBRANE / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ridge, J.P. / Fyfe, P.K. / McAuley, K.E. / Van Brederode, M.E. / Robert, B. / Van Grondelle, R. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2000
タイトル: An Examination of How Structural Changes Can Affect the Rate of Electron Transfer in a Mutated Bacterial Photoreaction Centre
著者: Ridge, J.P. / Fyfe, P.K. / Mcauley, K.E. / Van Brederode, M.E. / Robert, B. / Van Grondelle, R. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural Consequences of the Replacement of Glycine M203 with Aspartic Acid in the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides
著者: Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Mcauley, K.E. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W. / Jones, M.R.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural Studies of Wild-Type and Mutant Reaction Centers from an Antenna-Deficient Strain of Rhodobacter Sphaeroides: Monitoring the Optical Properties of the Complex from Bacterial Cell to Crystal
著者: Mcauley, K.E. / Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Prince, S.M. / Hunter, C.N. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R.
#3: ジャーナル: Photosyn. Res. / 年: 1998
タイトル: Crystallographic Studies of Mutant Reaction Centers from Rhodobacter Sphaeroides
著者: Fyfe, P.K. / Mcauley-Hecht, K.E. / Ridge, J.P. / Prince, S.M. / Fritzsch, G. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R.
履歴
登録2000年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER H SUBUNIT
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER L SUBUNIT
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER M SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,38022
ポリマ－93,7823
非ポリマー9,59819
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37730 Å2
ΔGint-235.9 kcal/mol
Surface area28720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.200, 141.200, 187.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER H SUBUNIT


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子: PUFQLMX / プラスミド: PRKEH10D / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 株 (発現宿主): WM115F/FM197R / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS
#2: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER L SUBUNIT


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子: PUFQLMX / プラスミド: PRKEH10D / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 株 (発現宿主): WM115F/FM197R / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS
#3: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER M SUBUNIT


分子量: 34369.523 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 遺伝子: PUFQLMX / プラスミド: PRKEH10D / 遺伝子 (発現宿主): PUFQLMX / 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 株 (発現宿主): WM115F/FM197R / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 231分子

#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#6: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#7: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-SPN / SPEROIDENONE


分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H70O2
#10: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CHAIN M ENGINEERED MUTATION TRP115PHE, PHE197ARG THE PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MEDIATES THE ...CHAIN M ENGINEERED MUTATION TRP115PHE, PHE197ARG THE PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MEDIATES THE INITIAL PHOTOCHEMICAL EVENT IN THE ELECTRON TRANSFER PROCESS OF PHOTOSYNTHESIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.2 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
20.09 %(v/v)lauryldimethylamine oxide1drop
33.5 %(w/v)1.2.3-heptanetriol1drop
40.75 Mpotassium phosphate1drop
51.5 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→26.4 Å / Num. obs: 90885 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / % possible all: 71.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD-TYPE RHODOBACTER SPHAEROIDES COORDINATES (UNPUBLISHED DATA)

解像度: 2.3→26.4 Å / SU B: 4.34 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 -5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs-90885 94.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6466 0 656 212 7334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.030.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5562
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4093
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.7952
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.8933
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor28.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.174 / Rfactor Rfree: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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