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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+61 | ||||||
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タイトル | OXIDIZED DMSO REDUCTASE EXPOSED TO HEPES - Structure II BUFFER | ||||||
![]() | Dimethyl sulfoxide/trimethylamine N-oxide reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / REDUCTASE / DMSO / MOLYBDOPTERIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() trimethylamine-N-oxide reductase activity / respiratory dimethylsulfoxide reductase / trimethylamine-N-oxide reductase / trimethylamine-N-oxide reductase (cytochrome c) activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bailey, S. / Bennett, B. / Adams, B. / Smith, A.T. / Bray, R.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reversible Dissociation of Thiolate Ligands from Molybdenum in an Enzyme of the Dimethyl Sulfoxide Reductase Family 著者: Bray, R.C. / Adams, B. / Smith, A.T. / Bennett, B. / Bailey, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 258.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 852.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 874.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.03048, -0.07809, -0.99648), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89525.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q52675, trimethylamine-N-oxide reductase, respiratory dimethylsulfoxide reductase #2: 化合物 | ChemComp-PGD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | REDUCES VARIOUS N-OXIDE AND SULFOXIDE COMPOUNDS INCLUDING TRIMETHYLAMINE N-OXIDE DURING ANAEROBIC ...REDUCES VARIOUS N-OXIDE AND SULFOXIDE COMPOUNDS INCLUDING TRIMETHYLA | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES BUFFER, PH 7.5 - 2M AMMONIUM SULPHATE 3-4% PEG 400 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20-22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 121768 / % possible obs: 78.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.91 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 52.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 367035 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: DMSO REDUCTASE FROM RHODOBACTER CAPSULATUS 解像度: 1.9→20 Å / SU B: 3.2 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |