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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e5t | ||||||
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タイトル | PROLYL OLIGOPEPTIDASE FROM PORCINE BRAIN, MUTANT | ||||||
![]() | PROLYL ENDOPEPTIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / PROLYL OLIGOPEPTIDASE / AMNESIA / ALPHA/ BETA-HYDROLASE / BETA-PROPELLER | ||||||
機能・相同性 | ![]() prolyl oligopeptidase / oligopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fulop, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalysis of Serine Oligopeptidases is Controlled by a Gating Filter Mechanism 著者: Fulop, V. / Szeltner, Z. / Polgar, L. #1: ![]() タイトル: Prolyl Oligopeptidase: An Unusual Beta-Propeller Domain Regulates Proteolysis 著者: Fulop, V. / Bocskei, Z. / Polgar, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 381 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 382.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qfmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80839.336 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CHAIN A ENGINEERED MUTATION CYS255THR, GLN397CYS, LYS684MET FUNCTION: PEPTIDASE ACTIVITY ON THE C- ...CHAIN A ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: SEE REFERENCE, pH 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.909 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→21 Å / Num. obs: 82125 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.76 Å / 冗長度: 3.01 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.538 / % possible all: 85.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 281721 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.6 % / Rmerge(I) obs: 0.538 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QFM 解像度: 1.7→21 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→21 Å
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拘束条件 |
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