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- PDB-1e5k: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5k
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN MOBA (PROTEIN FA) FROM ESCHERICHIA COLI AT NEAR ATOMIC RESOLUTION
要素MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN A
キーワードMOLYBDOPTERIN NUCLEOTIDYL-TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


bis(molybdopterin guanine dinucleotide)molybdenum biosynthetic process / molybdenum cofactor guanylyltransferase / molybdenum cofactor guanylyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum cofactor guanylyltransferase / MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / Molybdenum cofactor guanylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Stevenson, C.E.M. / Sargent, F. / Buchanan, G. / Palmer, T. / Lawson, D.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of the Molybdenum Cofactor Biosynthesis Protein Moba from Escherichia Coli at Near Atomic Resolution
著者: Stevenson, C.E.M. / Sargent, F. / Buchanan, G. / Palmer, T. / Lawson, D.M.
履歴
登録2000年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9774
ポリマ－22,5861
非ポリマー3913
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.574, 41.758, 54.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN A / MOBA / PROTEIN FA


分子量: 22585.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE WILD-TYPE CONSTRUCT WAS C-TERMINALLY EXTENDED WITH A 7-RESIDUE NICKEL AFFINITY TAG OF SEQUENCE SER-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS.
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: MOBA / プラスミド: PKK223-3 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): MOBA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / Variant (発現宿主): M15[PREP4] / 参照: UniProt: P32173
#2: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: BIOSYNTHESIS OF MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE. SEEMS TO BE INVOLVED IN THE ...FUNCTION: BIOSYNTHESIS OF MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE. SEEMS TO BE INVOLVED IN THE ATTACHMENT OF GMP TO MOLYBDOPTERIN. PATHWAY: MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS.
配列の詳細C-TERMINAL TAG: SER-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 12 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 20% (V/V) ISOPROPANOL, 2% (W/V) PEG 1500, IN 100 MM CITRIC ACID ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 12 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 20% (V/V) ISOPROPANOL, 2% (W/V) PEG 1500, IN 100 MM CITRIC ACID BROUGHT TO PH 5.5 WITH NAOH. CRYSTALS GROW AT 4 DEG. C AND TAKE UP TO 8 WEEKS TO REACH FULL SIZE.
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
220 %(v/v)isopropanol1reservoir
32 %(w/v)PEG15001reservoir
4100 mMcitric acid1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→40 Å / Num. obs: 38263 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 83.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.06
詳細: ANISOTROPIC THERMAL PARAMETER REFINEMENT WAS USED FOR LAST CYCLE. RESIDUES 15 A TO 21 A WERE POORLY DEFINED IN ELECTRON DENSITY MAPS. ALL LARGE SIDE-CHAINS IN THIS REGION WERE TRUNCATED TO ALA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1921 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs-38263 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1423 0 27 149 1599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0360.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.2993
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.0735
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.3716
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.3338
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.03230.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1060.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2570.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor19.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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