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- PDB-1e5d: RUBREDOXIN OXYGEN:OXIDOREDUCTASE (ROO) FROM ANAEROBE DESULFOVIBRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5d
タイトルRUBREDOXIN OXYGEN:OXIDOREDUCTASE (ROO) FROM ANAEROBE DESULFOVIBRIO GIGAS
要素RUBREDOXIN\:OXYGEN OXIDOREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXYGENREDUCTASE / DIIRON-CENTRE / FLAVOPROTEINS / LACTAMASE-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / respiratory electron transport chain / FMN binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin ...Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MU-OXO-DIIRON / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OXYGEN MOLECULE / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Frazao, C. / Silva, G. / Gomes, C.M. / Matias, P. / Coelho, R. / Sieker, L. / Macedo, S. / Liu, M.Y. / Oliveira, S. / Teixeira, M. ...Frazao, C. / Silva, G. / Gomes, C.M. / Matias, P. / Coelho, R. / Sieker, L. / Macedo, S. / Liu, M.Y. / Oliveira, S. / Teixeira, M. / Xavier, A.V. / Rodrigues-Pousada, C. / Carrondo, M.A. / Le Gall, J.
引用
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary diffraction data analysis of both single and pseudo-merohedrally twinned crystals of rubredoxin oxygen oxidoreductase from Desulfovibrio gigas.
著者: Frazao, C. / Sieker, L. / Coelho, R. / Morais, J. / Pacheco, I. / Chen, L. / LeGall, J. / Dauter, Z. / Wilson, K. / Carrondo, M.A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Studies on the Redox Centres of the Terminal Oxidase from Desulfovibrio Gigas and Evidence for its Interaction with Rubredoxin
著者: Gomes, C.M. / Silva, G. / Oliveira, S. / Le Gall, J. / Liu, M.-Y. / Xavier, A.V. / Rodrigues-Pousada, C. / Teixeira, M.
#3: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Comm. / 年: 1993
タイトル: Rubredoxin Oxidase, a New Flavo-Heme-Protein, is the Site of Oxygen Reduction to Water by the " Strictly Anaerobe" Desulfovibrio Gigas
著者: Chen, L. / Liu, M.-Y. / Le Gall, J. / Fareleira, P. / Santos, H. / Xavier, A.V.
履歴
登録2000年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.62019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.72019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.82024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUBREDOXIN\:OXYGEN OXIDOREDUCTASE
B: RUBREDOXIN\:OXYGEN OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9318
ポリマ－89,6982
非ポリマー1,2326
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.240, 101.250, 90.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.1195, 0.9928, -0.002), (0.9928, 0.1195, -0.0013), (-0.001, -0.0021, -1)
ベクター: 4.776, -4.107, 89.563)

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要素

#1: タンパク質 RUBREDOXIN\:OXYGEN OXIDOREDUCTASE


分子量: 44849.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9F0J6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
解説: TWO DATA SETS WERE COLLECTED. A MAD DATA SET TO 2.7A CORRESPONDING TO FOUR WAVELENGTHS NEAR THE FE ABSORPTION EDGE WAS COLLECTED AT ESRF, BM14, AND USED TO SOLVE THE PHASE PROBLEM. A SECOND, ...解説: TWO DATA SETS WERE COLLECTED. A MAD DATA SET TO 2.7A CORRESPONDING TO FOUR WAVELENGTHS NEAR THE FE ABSORPTION EDGE WAS COLLECTED AT ESRF, BM14, AND USED TO SOLVE THE PHASE PROBLEM. A SECOND, SINGLE WAVELENGTH DATA SET TO 2.5A WAS COLLECTED AT DESY/ EMBL, X11, AND USED IN STRCUTURE REFINEMENT
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROP. DROPS OF PROTEIN SOLUTION 10MG/ML AND ALIQUOTS OF PRECIPITANT SOLUTION COMPOSED OF PEG 6 K 10%, TRIS-MALEIC BUFFER 0.1 M PH 6.0
結晶化
*PLUS
温度: 4-10 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 %(v/v)PEG60001reservoir
3100 mMTris-maleate1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.0331
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.4 Å / Num. obs: 31676 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 87.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 123925
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→15 Å / Num. parameters: 26292 / Num. restraintsaints: 33720 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: DIIRON SITES REFINED WITHOUT TARGET VALUES BUT RESTRAINED TO A COMMON GEOMETRY. NCS APPLIED BY RESTRAINING HOMOLOGOUS 1-4 DISTANCES TO THEIR COMMON VALUES. SOLVENT ...StereochEM target val spec case: DIIRON SITES REFINED WITHOUT TARGET VALUES BUT RESTRAINED TO A COMMON GEOMETRY. NCS APPLIED BY RESTRAINING HOMOLOGOUS 1-4 DISTANCES TO THEIR COMMON VALUES. SOLVENT WATERS WITH HOMOLOGOUS H- BONDING PATTERN TO EACH MONOMER WERE RESTRAINED TO THEIR COMMON ISOTROPIC DISPLACEMENT PARAMETERS.
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 1919 6.1 %RANDOM
all0.1794 31671 --
obs0.1805 -98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 6532
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6290 0 72 170 6532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0241
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.071
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.1618 / Rfactor Rwork: 0.1805
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.0241
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.026

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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