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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+43 | ||||||
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タイトル | Native structure of chimaeric amylase from B. amyloliquefaciens and B. licheniformis at 1.7A | ||||||
![]() | ALPHA-AMYLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / AMYLASE / FAMILY 13 | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brzozowski, A.M. / Lawson, D.M. / Turkenburg, J.P. / Bisgaard-Frantzen, H. / Svendsen, A. / Borchert, T.V. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Davies, G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis of a Chimeric Bacterial Alpha-Amylase. High Resolution Analysis of Native and Ligand Complexes 著者: Brzozowski, A.M. / Lawson, D.M. / Turkenburg, J.P. / Bisgaard-Frantzen, H. / Svendsen, A. / Borchert, T.V. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 417.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55038.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CHIMAERIC STRUCTURE CONSISTING OF RESIDUES 1 - 300 OF B. AMYLOLIQUEFACIENS AND RESIDUES 301 - 483 OF B. LICHENIFORMIS 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 18C USING THE HANGING DROP METHOD WITH 8-13% MONOMETHYL ETHER POLYETHYLENE GLYCOL 2000 OR 5000 AS PRECIPITANT. DROPS WERE BUFFERED WITH 0.1M TRIS/HCL PH 7.5 CONTAINING ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 18C USING THE HANGING DROP METHOD WITH 8-13% MONOMETHYL ETHER POLYETHYLENE GLYCOL 2000 OR 5000 AS PRECIPITANT. DROPS WERE BUFFERED WITH 0.1M TRIS/HCL PH 7.5 CONTAINING 5MM CACL2 AND THE PROTEIN CONCENTRATION WAS 30-35MG/ML. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC-Q4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9386 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 51292 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Mean I/σ(I) obs: 13 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 99 % / Mean I/σ(I) obs: 13 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1E3X 解像度: 1.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.01 |