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- PDB-1e2o: CATALYTIC DOMAIN FROM DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e2o
タイトルCATALYTIC DOMAIN FROM DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE
要素DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / KETOGLUTARATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / lipoic acid binding / oxoglutarate dehydrogenase complex / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Dihydrolipoamide succinyltransferase / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. ...: / Dihydrolipoamide succinyltransferase / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex / Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Knapp, J.E. / Mitchell, D.T. / Yazdi, M.A. / Ernst, S.R. / Reed, L.J. / Hackert, M.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the truncated cubic core component of the Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase multienzyme complex.
著者: Knapp, J.E. / Mitchell, D.T. / Yazdi, M.A. / Ernst, S.R. / Reed, L.J. / Hackert, M.L.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Atomic Structure of the Cubic Core of the Pyruvate Dehydrogenase Multienzyme Complex
著者: Mattevi, A. / Obmolova, G. / Schulze, E. / Kalk, K.H. / Westphal, A.H. / De Kok, A. / Hol, W.G.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1984
タイトル: Nucleotide Sequence of the Sucb Gene Encoding the Dihydrolipoamide Succinyltransferase of Escherichia Coli K12 and Homology with the Corresponding Acetyltransferase
著者: Spencer, M.E. / Darlison, M.G. / Stephens, P.E. / Duckenfield, I.K. / Guest, J.R.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1971
タイトル: Crystallization and Preliminary Structural Analysis of Dihydrolipoyl Transsuccinylase, the Core of the 2-Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
著者: Derosier, D.J. / Oliver, R.M. / Reed, L.J.
履歴
登録1998年5月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2032
ポリマ－26,1071
非ポリマー961
水28816
1
A: DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)628,88448
ポリマ－626,57824
非ポリマー2,30624
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area86500 Å2
ΔGint-561 kcal/mol
Surface area219200 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)222.800, 222.800, 222.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-421-

SO4

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE / E2O


分子量: 26107.420 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 172 - 404 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SUCB / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101
参照: UniProt: P07016, UniProt: P0AFG6*PLUS, dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.2M AMMONIUM SULFATE, 1% ETHANOL, 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 7.0
結晶化
*PLUS
pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
250 mMpotassium phosphate1drop
31 mMdithiothreitol1drop
41 mMEDTA1drop
51 mMbenzamidine1drop
61.2 Mammonium sulfate1reservoir
71 %(v/v)ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 9906 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.145 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.145

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(ROTAVATAデータスケーリング
Agrovataデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EAA

1eaa


解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL AND RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1001 10.3 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 9696 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 5 16 1747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.37
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 145 9.4 %
Rwork0.261 1397 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3SO4.PARSO4.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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