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万見
- PDB-1e26: Design, Synthesis and X-ray Crystal Structure of a Potent Dual In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+26
タイトルDesign, Synthesis and X-ray Crystal Structure of a Potent Dual Inhibitor of Thymidylate Synthase and Dihydrofolate Reductase as an Antitumor Agent.
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIHYDROFOLATE REDUCTASE / THYMIDYLATE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GPB / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種PNEUMOCYSTIS CARINII (ニューモシスチス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gangjee, A. / Yu, J. / McGuire, J.J. / Cody, V. / Galitsky, N. / Kisliuk, R.L. / Queener, S.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Ligand-Induced Conformational Changes in the Crystal Structures of Pneumocystis Carinii Dihydrofolate Reductase Complexes with Folate and Nadp+
著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Rak, D. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Queener, S.F.
履歴
登録2000年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_y_n / _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. STRANDS 1 TO 7 SHEETS A AND A1 ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0873
ポリマ－23,9191
非ポリマー1,1692
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.332, 43.231, 61.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE / PCDHFR


分子量: 23918.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH NADPH AND INHIBITOR
由来: (組換発現) PNEUMOCYSTIS CARINII (ニューモシスチス)
遺伝子: C-DNA P.CARINII DHFR / プラスミド: PT7-7 / 遺伝子 (発現宿主): C-DNA P.CARINII DHFR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P16184, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GPB / N-[4-[2-(2-AMINO-4-METHYL-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYL]GLUTAMIC ACID / N-[4-[2-[(2-アミノ-4-メチル-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン)-5-イル]エチル]ベンゾイル]-L(以下略)


分子量: 425.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23N5O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: PROTEIN SOLUTION: WASHED AND CONCENTRATED 4 TUBES PCDHFR USING A CENTRICON 10 50 MM MES, 100MM KCL, B-NADPH, PH 6.0, A280/340 RATIO OF 24. WASHED WITH 50MM MES, 100MM KCL, PH 6.0, WASHED WITH ...詳細: PROTEIN SOLUTION: WASHED AND CONCENTRATED 4 TUBES PCDHFR USING A CENTRICON 10 50 MM MES, 100MM KCL, B-NADPH, PH 6.0, A280/340 RATIO OF 24. WASHED WITH 50MM MES, 100MM KCL, PH 6.0, WASHED WITH 50MM MES, 100MM KCL, PH 6.0 TO A CONCENTRATION OF 6.5 MG/ML. RESERVOIR SOLUTION: 50% PEG2000MME, 50MM MES, 100MM, PH 6.0 SET UP MICROBATCH POLYTHERMAL GRADIENT EXPERIMENTS IN MICROPETS. DROPS WERE COMPOSED OF: 2.5 MICROLITERS PROTEIN SOLUTION 2.0 MICROLITERS PROTEIN SOLUTION 0.5 MICROLITERS 50MM MES, 100MM KCL, PH 6.0. MICROPETS WERE LEFT TO EQUILIBRATE ON THE POLYTHERMAL GRADIENT.
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19.8 mg/mlprotein11
250 %(w/v)PEG200011
350 mMMES11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200HB / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 11919 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 99.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CD2

2cd2


解像度: 2→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE C-TERMINAL MET RESIDUE WAS NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 -10 %
Rwork0.2185 --
obs0.2185 13297 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 79 101 1858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS_SOLVE / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 11919 / Rfactor obs: 0.223 / Rfactor Rfree: 0.297 / Rfactor Rwork: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.6942
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.2362.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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