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万見
- PDB-1dzg: N135Q-S380C-ANTITHROMBIN-III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dzg
タイトルN135Q-S380C-ANTITHROMBIN-III
要素(ANTITHROMBIN- ...) x 2
キーワードBLOOD CLOTTING / SERPIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / : / protease binding ...regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / : / protease binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者McCoy, A.J. / Huntington, J.A. / Carrell, R.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The Conformational Activation of Antithrombin. A 2. 85-A Structure of a Fluorescein Derivative Reveals an Electrostatic Link between the Hinge and Heparin Binding Regions.
著者: Huntington, J.A. / Mccoy, A.J. / Belzar, K.J. / Pei, X.Y. / Gettins, P.G.W. / Carrell, R.W.
履歴
登録2000年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: ANTITHROMBIN-III
L: ANTITHROMBIN-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,35310
ポリマ－98,2322
非ポリマー2,1218
水724
1
L: ANTITHROMBIN-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2635
ポリマ－49,1011
非ポリマー1,1624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
I: ANTITHROMBIN-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0905
ポリマ－49,1311
非ポリマー9594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.610, 99.540, 88.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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ANTITHROMBIN- ... , 2種, 2分子 IL

#1: タンパク質 ANTITHROMBIN-III / ATIII / SERPIN C1


分子量: 49131.105 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INHIBITORY CONFORMATION / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: RECOMBINANT. BABY HAMSTER KIDNEY (BHK) CELL EXPRESSION
プラスミド: PMASTOP / 発現宿主: CRICETIDAE SP. (ネズミ) / 参照: UniProt: P01008
#2: タンパク質 ANTITHROMBIN-III / ATIII / SERPIN C1


分子量: 49101.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PLASMA ALPHA ANTITHROMBIN-III / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01008

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糖 , 2種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CHAIN I: HAS ENGINEERED MUTATIONS N135Q AND S380C N135Q MUTATION TO REMOVE GLYCOSYLATION SITE S380C ...CHAIN I: HAS ENGINEERED MUTATIONS N135Q AND S380C N135Q MUTATION TO REMOVE GLYCOSYLATION SITE S380C MUTATION FOR FLUORESCEIN ATTACHMENT SITE
Has protein modificationY
配列の詳細ANT3_HUMAN RESIDUE NUMBERING IN SWS IS FROM START OF ANTITHROMBIN-III LEADER SEQUENCE. STRUCTURE ...ANT3_HUMAN RESIDUE NUMBERING IN SWS IS FROM START OF ANTITHROMBIN-III LEADER SEQUENCE. STRUCTURE RESIDUE NUMBERING IS FROM START OF MATURE ANTITHROMBIN-III RESIDUES NOT MODELLED HAD POOR ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 5MG/ML 1:1 MIX OF INHIBITORY: LATENT ANTITHROMBIN-III, 10.5% PEG 4000, 65 MM NACACODYLATE, PH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein11
210.5 %PEG400011
365 mMsodium cacodylate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.88
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 98714 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 7.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 27983 / Num. measured all: 98714

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ANT

2ant


解像度: 2.8→20 Å / SU B: 23.25 / SU ML: 0.4309 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 6.82723 / ESU R Free: 0.42762 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION CALCULATED WITH CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1430 5 %SAME AS 2ANT
Rwork0.228 ---
obs-27983 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6451 0 138 4 6593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0080.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0210.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.4733
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.3495
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.6644
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.8926
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0070.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2010.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1530.15
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2030.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2050.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1270.15
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor24.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.011

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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