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- PDB-2okt: Crystal structure of O-succinylbenzoic acid synthetase from Staph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2okt
タイトルCrystal structure of O-succinylbenzoic acid synthetase from Staphylococcus aureus, ligand-free form
要素O-succinylbenzoic acid synthetase
キーワードLYASE / ENOLASE / O-SUCCINYLBENZOIC ACID SYNTHETASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


O-succinylbenzoate synthase activity / o-succinylbenzoate synthase / menaquinone biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel ...: / o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
o-succinylbenzoate synthase / o-succinylbenzoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Malashkevich, V. / Sauder, J.M. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Dickey, M. / Maletic, M. / Powell, A. / Gheyi, T. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Malashkevich, V. / Sauder, J.M. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Dickey, M. / Maletic, M. / Powell, A. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Loss of quaternary structure is associated with rapid sequence divergence in the OSBS family.
著者: Odokonyero, D. / Sakai, A. / Patskovsky, Y. / Malashkevich, V.N. / Fedorov, A.A. / Bonanno, J.B. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Agarwal, R. / Wang, C. / Ozerova, N.D. / Yew, W.S. / Sauder, J.M. ...著者: Odokonyero, D. / Sakai, A. / Patskovsky, Y. / Malashkevich, V.N. / Fedorov, A.A. / Bonanno, J.B. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Agarwal, R. / Wang, C. / Ozerova, N.D. / Yew, W.S. / Sauder, J.M. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Glasner, M.E.
履歴
登録2007年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32014年6月11日Group: Database references
改定 1.42014年8月13日Group: Database references
改定 1.52018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.62021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-succinylbenzoic acid synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0961
ポリマ－39,0961
非ポリマー00
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.700, 40.324, 59.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 O-succinylbenzoic acid synthetase / OSB synthetase


分子量: 39095.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: COL / 遺伝子: menc / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q53635, UniProt: A0A0H2WWB5*PLUS, o-succinylbenzoate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 294 K / pH: 8.5
詳細: O.1M TRIS-HCL, PH 8.5, 30% PEG 4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 84257 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WUE

1wue


解像度: 1.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.731 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 2524 3 %RANDOM
Rwork0.138 ---
obs0.139 81647 99.5 %-
all-81647 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2760 0 0 590 3350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9644197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12335158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8525411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45424.067150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23415560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9481519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02631
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.3555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1630.32244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.51477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.51536
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.5809
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.321
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.363
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1990.594
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.99522406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7982721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.67432993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.79131435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.77951170
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.4426381
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.885590
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.22955046
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 191 -
Rwork0.223 5912 -
obs--99.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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