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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dyw | |||||||||
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タイトル | Biochemical and structural characterization of a divergent loop cyclophilin from Caenorhabditis elegans | |||||||||
要素 | CYCLOPHILIN 3 | |||||||||
キーワード | ISOMERASE(PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS) / ISOMERASE / ROTAMASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Dornan, J. / Page, A.P. / Taylor, P. / Wu, S.Y. / Winter, A.D. / Husi, H. / Walkinshaw, M.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Biochemical and Structural Characterization of a Divergent Loop Cyclophilin from Caenorhabditis Elegans 著者: Dornan, J. / Page, A.P. / Taylor, P. / Wu, S.Y. / Winter, A.D. / Husi, H. / Walkinshaw, M.D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: X-Ray Structure of a Monomeric Cyclophilin 著者: Mikol, V. / Kallen, J. / Pfluegl, G. / Walkinshaw, M.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dyw.cif.gz | 50.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dyw.ent.gz | 35.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dyw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/1dyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/1dyw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1cwaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18576.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P52011, peptidylprolyl isomerase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: MPEG5000, SODIUM CITRATE, PH 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 21337 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.59 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.587 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 96.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.278 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CWA 解像度: 1.8→15 Å / Num. parameters: 6247 / Num. restraintsaints: 5295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: THE C-TERMINAL RESIDUE WAS NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1561 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.37 Å2 |