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- PDB-1dxk: Metallo-beta-lactamase from Bacillus cereus 569/H/9 C168S mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dxk
タイトルMetallo-beta-lactamase from Bacillus cereus 569/H/9 C168S mutant
要素CLASS B BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE (BETA-LACTAMASE) / METALLO BETA-LACTAMASE / ZINC
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase ...: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CEREUS (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Chantalat, L. / Duee, E. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Structural effects of the active site mutation cysteine to serine in Bacillus cereus zinc-beta-lactamase.
著者: Chantalat, L. / Duee, E. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: 1.85 A Resolution Structure of the Zinc(II) Beta-Lactamase from Bacillus Cereus
著者: Carfi, A. / Duee, E. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: The 3-D Structure of a Zinc Metallo-Beta-Lactamase from Bacillus Cereus Reveals a New Type of Protein Fold
著者: Carfi, A. / Pares, S. / Duee, E. / Galleni, M. / Duez, C. / Frere, J.M. / Dideberg, O.
履歴
登録2000年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.42023年12月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS B BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1063
ポリマ－24,9791
非ポリマー1262
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.790, 61.250, 69.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CLASS B BETA-LACTAMASE / PENICILLINASE / CEPHALOSPORINASE


分子量: 24979.469 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1MM ZN IN THE BUFFER / 由来: (組換発現) BACILLUS CEREUS (バクテリア) / プラスミド: PRTWHO12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1 / 参照: UniProt: P04190, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60
結晶化
*PLUS
温度: 8 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
210 mMcacodylate sodium1drop
313 %PEG80001reservoir
410 mMsodium citrate1reservoir
50.100 mMdithiothreitol1reservoir
6100 mMMES1reservoir
71 mM1reservoirZnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 17009 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.82 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rsym value: 0.043
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.75 % / Rsym value: 0.069 / % possible all: 88.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.8 % / Num. unique obs: 1648 / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BVT

1bvt


解像度: 1.85→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: DISORDERED RESIDUES, (I.E. FOR WHICH NO COORDINATES ARE REPORTED BUT THE OCCUPANCY IS SET TO ZERO) ARE 11 - 14, 32 - 38, AND GLU 212 HAS TWO CONFORMATIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 819 4.9 %RANDOM
Rwork0.2054 ---
obs0.2054 16822 90.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1710 0 5 232 1947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.638
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.93 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3343 98 4.79 %
Rwork0.2959 1949 -
obs--87.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2612
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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