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万見
- PDB-1dxh: Catabolic ornithine carbamoyltransferase from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dxh
タイトルCatabolic ornithine carbamoyltransferase from Pseudomonas aeruginosa
要素ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / TRANSCARBAMYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arginine deiminase pathway / ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / : / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ornithine carbamoyltransferase, catabolic
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sainz, G. / Vicat, J. / Kahn, R. / Duee, E. / Tricot, C. / Stalon, V. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Allosteric Active Form of Catabolic Ornithine Carbamoyltransferase from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Sainz, G. / Vicat, J. / Kahn, R. / Duee, E. / Tricot, C. / Stalon, V. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Catabolic Ornithine Carbamoyltransferase from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Sainz, G. / Vicat, J. / Kahn, R. / Tricot, C. / Stalon, V. / Dideberg, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Allosteric Regulation in Pseudomonas Aeruginosa Catabolic Ornithine Carbamoyltransferase Revisited : Association of Concerted Homotropic Cooperative Interactions and Local Heterotropic Effects
著者: Tricot, C. / Villeret, V. / Sainz, G. / Dideberg, O. / Stalon, V.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Kinetic Studies of Allosteric Catabolic Ornithine Carbamoyltransferase from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Sainz, G. / Tricot, C. / Foray, M.F. / Marion, D. / Dideberg, O. / Stalon, V.
履歴
登録2000年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3184
ポリマ－38,0301
非ポリマー2883
水1,874104
1
A: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,82248
ポリマ－456,36412
非ポリマー3,45836
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
Buried area55980 Å2
ΔGint-404.56 kcal/mol
Surface area127810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.320, 134.320, 134.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

SO4

21A-338-

SO4

31A-339-

SO4

41A-339-

SO4

51A-2026-

HOH

61A-2027-

HOH

71A-2103-

HOH

詳細BIOLOGICAL_UNIT: DODECAMERTHE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 3 SULPHATE IONS.THE FIRST, SO4 340, IS ORDERED, WHILE THE OTHERS AREDISORDERED AND LIE ON THE THREE-FOLD AXIS RELATING(X,Y,Z) ,(1-Z , X, 1-Y) AND (Y, 1-Z, 1-X) AND AREREPRESENTED BY THE SO4 RESIDUES 338 AND 339. THREE WATER MOLECULES ARE ALSO ON THE THREE-FOLD AXIS,601,603 AND 624. THE LAST ONE IS ASSOCIATED WITH THESO4 RESIDUE 339

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要素

#1: タンパク質 ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE / ORNITHINE TRANSCARBAMYLASE


分子量: 38030.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: P08308, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.20
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 47.5 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.85 Mammonium sulfate1reservoir
350 mMHEPES1reservoirpH7.2
41 mMdithiothreitol1reservoir
51 mMEDTA1reservoir
62 %PEG4001reservoir
710 mMspermidine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER NONIUS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 13231 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 5.58 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rsym value: 0.075
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rsym value: 0.252 / % possible all: 67.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 80597 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65.5 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
MADNESSデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ORT

1ort


解像度: 2.5→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 676 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.179 13231 95.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2669 0 11 104 2784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2948 46 4.2 %
Rwork0.2489 1104 -
obs--67.25 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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