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- PDB-1dv5: TERTIARY STRUCTURE OF APO-D-ALANYL CARRIER PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dv5
タイトルTERTIARY STRUCTURE OF APO-D-ALANYL CARRIER PROTEIN
要素APO-D-ALANYL CARRIER PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / 3-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanyl carrier activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-alanyl carrier protein / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-alanyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Volkman, B.F. / Zhang, Q. / Debabov, D.V. / Rivera, E. / Kresheck, G.C. / Neuhaus, F.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Biosynthesis of D-alanyl-lipoteichoic acid: the tertiary structure of apo-D-alanyl carrier protein.
著者: Volkman, B.F. / Zhang, Q. / Debabov, D.V. / Rivera, E. / Kresheck, G.C. / Neuhaus, F.C.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1996
タイトル: The D-Alanyl Carrier Protein in Lactobacillus casei: Cloning, Sequencing and Expression of dltC
著者: Debabov, D.V. / Heaton, M.P. / Zhang, Q. / Stewart, K.D. / Lambalot, R.H. / Neuhaus, F.C.
履歴
登録2000年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年11月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_related ...atom_site / pdbx_database_related / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.12024年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APO-D-ALANYL CARRIER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7961
ポリマ－8,7961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 50target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 APO-D-ALANYL CARRIER PROTEIN / APO-DCP


分子量: 8795.818 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-81 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
プラスミド: PDCP1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P55153

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1312D 15N-filtered NOESY
NMR実験の詳細Text: Complete resonance assignments obtained with triple-resonance NMR data as described in the primary citation.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-15N]apo-Dcp, 50 mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
21.8 mM [U-15N,13C]apo-Dcp, 50 mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM phosphate / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix95Molecular Simulations解析
NMRPipeFrank Delaglio解析
DYANA1.5Peter Guntert精密化
XwinNMR2.3Brukercollection
XEASY1.3Bartelsデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1582 non-trivial upper-limit distance constraints (332 long-range, 560 medium-range, 372 sequential and 318 intraresidue), derived from 3288 assigned ...詳細: The structures are based on a total of 1582 non-trivial upper-limit distance constraints (332 long-range, 560 medium-range, 372 sequential and 318 intraresidue), derived from 3288 assigned NOEs from 4 2D and 3D spectra. This corresponds to an average of 19.8 constraints/residue. No additional constraints were included. Structures were generated using the ANNEAL function of the program DYANA 1.5, with 8000 torsion angle dynamics steps for each structure. The average DYANA target function for the 30 conformers was 0.68 +/- 0.11. The average backbone atomic RMSD to the mean structure for residues 4-81 is 0.43 +/- 0.08 Angstroms, and 0.86 +/- 0.09 for all non-hydrogen atoms (residues 4-81).
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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