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万見
- PDB-2l0q: NMR Solution Structure of Vibrio harveyi Acyl Carrier Protein (ACP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l0q
タイトルNMR Solution Structure of Vibrio harveyi Acyl Carrier Protein (ACP)
要素Acyl carrier protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / ACYL CARRIER PROTEIN / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / ACYL CHAIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl carrier activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi 1DA3 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Chan, D.I. / Chu, B.C.H. / Lau, C.K.Y. / Hunter, H.N. / Byers, D.M. / Vogel, H.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: NMR solution structure and biophysical characterization of Vibrio harveyi acyl carrier protein A75H: effects of divalent metal ions.
著者: Chan, D.I. / Chu, B.C. / Lau, C.K. / Hunter, H.N. / Byers, D.M. / Vogel, H.J.
履歴
登録2010年7月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8531
ポリマ－8,8531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP


分子量: 8852.664 Da / 分子数: 1 / 変異: A75H / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Holo-ACP present for structure determination, however phosphopantetheine coordinates not determined
由来: (組換発現) Vibrio harveyi 1DA3 (バクテリア)
遺伝子: acpP, VME_27770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D0XCG4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Holo-Acyl Carrier Protein of V. harveyi; coordinates of phosphopantetheine group not calculated
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 1H-15N NOESY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H NOESY
1412D 1H-1H TOCSY
1512D 1H-1H TOCSY
1612D DQF-COSY
1712D DQF-COSY
1822D 1H-15N HSQC
1923D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM ACP, 0.1-0.5 mM DSS, 10 mM [U-2H] DTT, 10 mM potassium phosphate, 1% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] ACP, 0.1-0.5 mM DSS, 10 mM [U-2H] DTT, 10 mM potassium phosphate, 1% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
1 mMACP-11
mMDSS-20.1-0.51
10 mMDTT-3[U-2H]1
10 mMpotassium phosphate-41
1 %sodium azide-51
1 mMACP-6[U-100% 15N]2
mMDSS-70.1-0.52
10 mMDTT-8[U-2H]2
10 mMpotassium phosphate-92
1 %sodium azide-102
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
XwinNMR3.0, 3.5Bruker Biospincollection
NMRDraw5.0 Rev 2009.103.20.08Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipe2009.015.15.35Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.2.2.01Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.2.2.01Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5.2.2.01Johnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1553 / NOE long range total count: 367 / NOE medium range total count: 405 / Hydrogen bond constraints total count: 56
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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