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- PDB-1du6: SOLUTION STRUCTURE OF THE TRUNCATED PBX HOMEODOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1du6
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE TRUNCATED PBX HOMEODOMAIN
要素HOMEOBOX PROTEIN PBX1
キーワードGENE REGULATION / homeodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


urogenital system development / natural killer cell differentiation / proximal/distal pattern formation / embryonic skeletal system development / sex differentiation / eye development / steroid biosynthetic process / embryonic limb morphogenesis / embryonic hemopoiesis / anterior/posterior pattern specification ...urogenital system development / natural killer cell differentiation / proximal/distal pattern formation / embryonic skeletal system development / sex differentiation / eye development / steroid biosynthetic process / embryonic limb morphogenesis / embryonic hemopoiesis / anterior/posterior pattern specification / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of neuron differentiation / regulation of ossification / neuron development / embryonic organ development / spleen development / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transcription corepressor binding / thymus development / stem cell proliferation / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell population proliferation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain ...PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-B-cell leukemia transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / dynamical annealing
データ登録者Sprules, T. / Green, N. / Featherstone, M. / Gehring, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Conformational changes in the PBX homeodomain and C-terminal extension upon binding DNA and HOX-derived YPWM peptides.
著者: Sprules, T. / Green, N. / Featherstone, M. / Gehring, K.
履歴
登録2000年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMEOBOX PROTEIN PBX1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4581
ポリマ－7,4581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 HOMEOBOX PROTEIN PBX1 / PBX1


分子量: 7458.345 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMEODOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: PBX1 / プラスミド: PET16B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41778

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
121HNHA
3332D NOESY
4442D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.5 mM PBX U-15N; 10 mM phosphate buffer; 1 mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM PBX U-15N,13C; 10 mM phosphate buffer; 1 mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
32 mM PBX; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
44 mM PBX; 20 mM phosphate buffer; 1 mM DTT; 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
14.8ambient 303 K
24.8ambient 303 K
36ambient 303 K
46ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2Brukercollection
Gifa4.2Pons, Malliavin, Delsuc解析
CNS0.5Brunger構造決定
XEASY1.3.13Bartels, Xia, Billeter, Guntert, Wuthrichデータ解析
CNS0.5Brunger精密化
精密化手法: dynamical annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1338 restraints, 1268 NOE-derived distance constraints, 48 dihedral angle restraints, 22 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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