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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ds4 | ||||||
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タイトル | CYTOCHROME C PEROXIDASE H175G MUTANT, IMIDAZOLE COMPLEX, PH 6, 100K | ||||||
![]() | CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HEME ENZYME / PEROXIDASE / CAVITY MUTANT / LIGAND BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / mitochondrial intermembrane space / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hirst, J. / Wilcox, S.K. / Williams, P.A. / McRee, D.E. / Goodin, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Replacement of the axial histidine ligand with imidazole in cytochrome c peroxidase. 1. Effects on structure. 著者: Hirst, J. / Wilcox, S.K. / Williams, P.A. / Blankenship, J. / McRee, D.E. / Goodin, D.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33245.945 Da / 分子数: 1 / 変異: H175G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PT7CCP / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-IMD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: MPD, MES, PH 6, IMIDAZOLE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→9.03 Å / Num. all: 26130 / Num. obs: 26130 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / % possible all: 70.2 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 10.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.02→9.03 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→9.03 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 4 / Rfactor Rwork: 0.182 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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