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万見
- PDB-1dr4: CRYSTAL STRUCTURES OF ORGANOMERCURIAL-ACTIVATED CHICKEN LIVER DIH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dr4
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF ORGANOMERCURIAL-ACTIVATED CHICKEN LIVER DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXES
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding ...tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mRNA binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7,8-DIHYDROBIOPTERIN / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mctigue, M.A. / Davies /II, J.F. / Kaufman, B.T. / Xuong, N.-H. / Kraut, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Organomercurial-Activated Chicken Liver Dihydrofolate Reductase Complexes
著者: Mctigue, M.A. / Davies II, J.F. / Kaufman, B.T. / Xuong, N.-H. / Kraut, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Crystal Structures of Recombinant Human Dihydrofolate Reductase Complexed with Folate and 5-Deazafolate
著者: Davies II, J.F. / Delcamp, T.J. / Prendergast, N.J. / Ashford, V.A. / Freisheim, J.H. / Kraut, J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Refined Crystal Structure of Escherichia Coli and Chicken Liver Dihydrofolate Reductase Containing Bound Trimethoprim
著者: Matthews, D.A. / Bolin, J.T. / Burridge, J.M. / Filman, D.J. / Volz, K.W. / Kaufman, B.T. / Beddell, C.R. / Champness, J.N. / Stammers, D.K. / Kraut, J.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Dihydrofolate Reductase, the Stereochemistry of Inhibitor Selectivity
著者: Matthews, D.A. / Bolin, J.T. / Burridge, J.M. / Filman, D.J. / Volz, K.W. / Kraut, J.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: Crystal Structure of Avian Dihydrofolate Reductase Containing Phenyltriazine and Nadph
著者: Volz, K.W. / Matthews, D.A. / Alden, R.A. / Freer, S.T. / Hansch, C. / Kaufman, B.T. / Kraut, J.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1980
タイトル: Primary Structure of Chicken Liver Dihydrofolate Reductase
著者: Kumar, A.A. / Blankenship, D.T. / Kaufman, B.T. / Freisheim, J.H.
履歴
登録1992年3月14日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX RESIDUES 21-26 (NLPWPP) FORM LEFT-HANDED POLYPROLINE HELIX. RESIDUES 108 AND 109 PARTICIPATE ...HELIX RESIDUES 21-26 (NLPWPP) FORM LEFT-HANDED POLYPROLINE HELIX. RESIDUES 108 AND 109 PARTICIPATE IN BOTH HELIX EP AND BETA STRAND E.
Remark 700SHEET RESIDUES 110 AND 111 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E. RESIDUES 115 AND 116 FORM A BETA-BULGE IN ...SHEET RESIDUES 110 AND 111 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E. RESIDUES 115 AND 116 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E. TIGHT TURN 7 (RESIDUES 162-165) DISRUPT LAST STRAND OF SHEET INTO 2 STRANDS 8 AND 9. THIS STRAND IS CONTINUOUS IN E. COLI. A BETA BULGE IS PRESENT HERE IN L. CASEI. RESIDUES 172 AND 175 PARTICIPATE IN BOTH TIGHT-TURN 8 AND BETA STRANDS 7 AND 9.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9035
ポリマ－21,6801
非ポリマー1,2234
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,80610
ポリマ－43,3602
非ポリマー2,4478
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4560 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.080, 48.290, 64.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: SEE REMARK 6.
2: RESIDUES 21-26 (NLPWPP) FORM LEFT-HANDED POLYPROLINE HELIX.
3: CIS PROLINE - PRO 66
4: RESIDUES 108 AND 109 PARTICIPATE IN BOTH HELIX EP AND BETA STRAND E.
5: RESIDUES 110 AND 111 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E. / 6: RESIDUES 115 AND 116 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E.
7: PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION GLY 116 - GLY 117 6.474
8: TIGHT TURN 7 (RESIDUES 162-165) DISRUPT LAST STRAND OF SHEET INTO 2 STRANDS 8 AND 9. THIS STRAND IS CONTINUOUS IN E. COLI. A BETA BULGE IS PRESENT HERE IN L. CASEI.
9: RESIDUES 172 AND 175 PARTICIPATE IN BOTH TIGHT-TURN 8 AND BETA STRANDS 7 AND 9.
10: RESIDUE 200 (CALCIUM ION) LIES ON THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AT ONE-HALF OCCUPANCY.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-200-

CA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE


分子量: 21679.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P00378, dihydrofolate reductase

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非ポリマー , 5種, 80分子

#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-HBI / 7,8-DIHYDROBIOPTERIN / 7,8-ジヒドロビオプテリン


分子量: 239.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N5O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CYSTEINE 11 HAS A MERCURY ATOM COVALENTLY BOUND TO SG IN TWO CONFORMATIONS. THE METHYL GROUP BOUND ...CYSTEINE 11 HAS A MERCURY ATOM COVALENTLY BOUND TO SG IN TWO CONFORMATIONS. THE METHYL GROUP BOUND TO THE MERCURY ATOM IS NOT INCLUDED AS IT IS DISORDERED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: other
溶液の組成
*PLUS
IDCrystal-ID
11
21
31

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.05 Å

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.15 / 最高解像度: 2.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1480 0 67 76 1623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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