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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dr1 | ||||||
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タイトル | 2.2 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF CHICKEN LIVER DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH NADP+ AND BIOPTERIN | ||||||
![]() | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding ...tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mRNA binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Mctigue, M.A. / Davies /II, J.F. / Kaufman, B.T. / Xuong, N.-H. / Kraut, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of chicken liver dihydrofolate reductase complexed with NADP+ and biopterin. 著者: McTigue, M.A. / Davies 2nd., J.F. / Kaufman, B.T. / Kraut, J. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Recombinant Human Dihydrofolate Reductase Complexed with Folate and 5-Deazafolate 著者: Davies II, J.F. / Delcamp, T.J. / Prendergast, N.J. / Ashford, V.A. / Freisheim, J.H. / Kraut, J. #2: ![]() タイトル: Refined Crystal Structure of Escherichia Coli and Chicken Liver Dihydrofolate Reductase Containing Bound Trimethoprim 著者: Matthews, D.A. / Bolin, J.T. / Burridge, J.M. / Filman, D.J. / Volz, K.W. / Kaufman, B.T. / Beddell, C.R. / Champness, J.N. / Stammers, D.K. / Kraut, J. #3: ![]() タイトル: Dihydrofolate Reductase, the Stereochemistry of Inhibitor Selectivity 著者: Matthews, D.A. / Bolin, J.T. / Burridge, J.M. / Filman, D.J. / Volz, K.W. / Kraut, J. #4: ![]() タイトル: Crystal Structure of Avian Dihydrofolate Reductase Containing Phenyltriazine and Nadph 著者: Volz, K.W. / Matthews, D.A. / Alden, R.A. / Freer, S.T. / Hansch, C. / Kaufman, B.T. / Kraut, J. #5: ![]() タイトル: Primary Structure of Chicken Liver Dihydrofolate Reductase 著者: Kumar, A.A. / Blankenship, D.T. / Kaufman, B.T. / Freisheim, J.H. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX RESIDUES 21-26 (NLPWPP) FORM LEFT-HANDED POLYPROLINE HELIX. RESIDUES 108 AND 109 PARTICIPATE ...HELIX RESIDUES 21-26 (NLPWPP) FORM LEFT-HANDED POLYPROLINE HELIX. RESIDUES 108 AND 109 PARTICIPATE IN BOTH HELIX EP AND BETA STRAND E. | ||||||
Remark 700 | SHEET RESIDUES 110 AND 111 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E. RESIDUES 115 AND 116 FORM A BETA-BULGE IN ...SHEET RESIDUES 110 AND 111 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E. RESIDUES 115 AND 116 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E. RESIDUES 172 AND 175 PARTICIPATE IN BOTH TIGHT-TURN 8 AND BETA STRANDS 7 AND 9. TIGHT TURN 7 (RESIDUES 162-165) DISRUPT LAST STRAND OF SHEET INTO 2 STRANDS 8 AND 9. THIS STRAND IS CONTINUOUS IN E. COLI. A BETA BULGE IS PRESENT HERE IN L. CASEI. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 498.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 21-26 (NLPWPP) FORM LEFT-HANDED POLYPROLINE HELIX. 2: RESIDUE TYR 31 EXISTS IN TWO CONFORMATIONS. / 3: CIS PROLINE - PRO 66 4: RESIDUES 108 AND 109 PARTICIPATE IN BOTH HELIX EP AND BETA STRAND E. 5: RESIDUES 110 AND 111 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E. / 6: RESIDUES 115 AND 116 FORM A BETA-BULGE IN STRAND E. 7: PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION GLY 116 - GLY 117 9.948 8: TIGHT TURN 7 (RESIDUES 162-165) DISRUPT LAST STRAND OF SHEET INTO 2 STRANDS 8 AND 9. THIS STRAND IS CONTINUOUS IN E. COLI. A BETA BULGE IS PRESENT HERE IN L. CASEI. 9: RESIDUES 172 AND 175 PARTICIPATE IN BOTH TIGHT-TURN 8 AND BETA STRANDS 7 AND 9. 10: RESIDUE 200 (CALCIUM ION) LIES ON THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AT ONE-HALF OCCUPANCY. | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21679.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#4: 化合物 | ChemComp-HBI / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 10688 / % possible obs: 91.2 % / Rmerge(I) obs: 0.022 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.14 / 最高解像度: 2.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rfactor obs: 0.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.04 |