PDB-1dq4: A transient unlocked concanavalin A structure with MN2+ bound in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dq4

タイトル

A transient unlocked concanavalin A structure with MN2+ bound in the transition metal ion binding site S1 and an empty calcium binding site S2

要素

Concanavalin-Br

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / concanavalin A / lectin / metal binding / transient / transition metal / manganese

機能・相同性

機能・相同性情報

D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Canavalia ensiformis (タチナタマメ)

手法

X線回折 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Bouckaert, J. / Dewallef, Y. / Poortmans, F. / Wyns, L. / Loris, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The structural features of concanavalin A governing non-proline peptide isomerization
著者: Bouckaert, J. / Dewallef, Y. / Poortmans, F. / Wyns, L. / Loris, R.

履歴

登録	1999年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年6月21日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dq4.cif.gz	97.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dq4.ent.gz	74.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dq4_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dq4_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	1dq4_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	1dq4_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dq0C 1dq1C 1dq2C 1dq5C 1dq6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ces-1 1ens-1 1dq2-1 2a7a-1 1enq-d 1scr-1 2d7f-1 1wuv-2 1mvq-1 1con-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (7) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Concanavalin-Br

B: Concanavalin-Br

ヘテロ分子

51.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Concanavalin-Br

B: Concanavalin-Br

ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br

B: Concanavalin-Br

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.890, 85.014, 91.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Concanavalin-Br / Con Br / UNLOCKED MN2+ CONCANAVALIN A 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P55915
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 5 詳細: 2.0 M ammonium sulphate, 100 mM sodium acetate, 3% PEG4000, 7 mM MnCl2, unlocked metal-free concanavalin A crystals were soaked with Mn2+, pH 5.0, temperature 277.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→8 Å / Num. all: 11615 / Num. obs: 11615 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.9→3.03 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1141 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
X-PLOR	3.851	精密化

精密化

解像度: 2.9→8 Å / 交差検証法: BRUNGER / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	925	10 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
all	0.2	9210	-	-
obs	0.2	9210	96.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3453	0	4	35	3492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	27.1
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	1.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	%反射
R_free	0.43	10 %
R_work	0.415	-
obs	-	96.4 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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