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- PDB-1dp3: SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF THE TRAM PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dp3
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF THE TRAM PROTEIN
要素TRAM PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / helix-loop-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TraM protein, DNA-binding / Relaxosome protein TraM / TraM, DNA-binding domain / TraM protein, DNA-binding / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Relaxosome protein TraM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / distance geometry; simulated annealing
データ登録者Stockner, T. / Plugariu, C. / Koraimann, G. / Hoegenauer, G. / Bermel, W. / Prytulla, S. / Sterk, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the DNA-binding domain of TraM.
著者: Stockner, T. / Plugariu, C. / Koraimann, G. / Hogenauer, G. / Bermel, W. / Prytulla, S. / Sterk, H.
履歴
登録1999年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAM PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2891
ポリマ－6,2891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #13lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TRAM PROTEIN


分子量: 6289.221 Da / 分子数: 1 / 断片: TRAMM26 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07294

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2223D-15N-NOESY-HSQC
232HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1unlabeled TraMM26, uniform labeled TraMM26 with 15N; 50mM phosphate buffer NA; 95% H2O 5% D2O95% H2O/5% D2O
2uniform labeled TraMM26 with 15N; 50mM phosphate buffer NA; 95% H2O 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM posphate buffer 4ambient 300 K
250 mM phospate buffer 4ambient 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX8002
Varian UNITY INOVAVarianUNITY INOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5Bruker Analytical GmbHcollection
NMRPipeDelaglio, F., Grzesiek, S., Vuister, G.W., Zhu, G., Pfeifer, J. Bax, A.解析
ANSIG3.3Kraulis, F.J.データ解析
X-PLOR3.851Brunger, A.T.精密化
MOLMOL2.6Koradi, R., Billeter, M., Wuthrich, K.データ解析
VNMR5.2Varian Inc.collection
精密化手法: distance geometry; simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: This structures are based on 438 NOE restraints derived from 15N labeled NOE-derived distance restraints, 115 distance restraints from 2D homonuclear NOESY experiments and 40 dihedral angle ...詳細: This structures are based on 438 NOE restraints derived from 15N labeled NOE-derived distance restraints, 115 distance restraints from 2D homonuclear NOESY experiments and 40 dihedral angle restraints. The dihedral restraints with random coil values for the flexible terminal part extracted from the HNHA spectra were not used in the structure calculations.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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