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- PDB-1tbo: NMR STRUCTURE OF A PROTEIN KINASE C-G PHORBOL-BINDING DOMAIN, 30 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tbo
タイトルNMR STRUCTURE OF A PROTEIN KINASE C-G PHORBOL-BINDING DOMAIN, 30 STRUCTURES
要素PROTEIN KINASE C, GAMMA TYPE
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN / PROTEIN KINASE C / PKC / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Calmodulin induced events / Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / regulation of response to food / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / positive regulation of mismatch repair / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / protein kinase C / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / chemosensory behavior ...Calmodulin induced events / Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / regulation of response to food / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / positive regulation of mismatch repair / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / protein kinase C / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / chemosensory behavior / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / response to angiotensin / regulation of phagocytosis / phosphorylation / innervation / response to morphine / response to pain / response to psychosocial stress / regulation of synaptic vesicle exocytosis / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / postsynaptic cytosol / presynaptic cytosol / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / negative regulation of protein ubiquitination / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / synaptic membrane / calyx of Held / regulation of circadian rhythm / peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of protein catabolic process / response to toxic substance / long-term synaptic potentiation / cell-cell junction / rhythmic process / protein autophosphorylation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / negative regulation of neuron apoptotic process / learning or memory / protein kinase activity / neuron projection / postsynaptic density / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain ...Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C gamma type / Protein kinase C gamma type
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法溶液NMR / DG-SA
データ登録者Xu, R.X. / Pawelczyk, T. / Xia, T. / Brown, S.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: NMR structure of a protein kinase C-gamma phorbol-binding domain and study of protein-lipid micelle interactions.
著者: Xu, R.X. / Pawelczyk, T. / Xia, T.H. / Brown, S.C.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the Cys2 Activator-Binding Domain of Protein Kinase C Delta in Complex with Phorbol Ester
著者: Zhang, G. / Kazanietz, M.G. / Blumberg, P.M. / Hurley, J.H.
#2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1995
タイトル: Solution Structure of Cysteine-Rich Domain of Protein Kinase C Alpha
著者: Ichikawa, S. / Hatanaka, H. / Takeuchi, Y. / Ohno, S. / Inagaki, F.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Solution Structure of a Cysteine Rich Domain of Rat Protein Kinase C
著者: Hommel, U. / Zurini, M. / Luyten, M.
履歴
登録1997年4月15日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KINASE C, GAMMA TYPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4903
ポリマ－9,3601
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 1
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN KINASE C, GAMMA TYPE / RAT BRAIN PKC-G


分子量: 9359.666 Da / 分子数: 1 / 断片: CYS2 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
器官: BRAIN / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P05697, UniProt: P63319*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / Temperature units: K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称分類
X-PLOR構造決定
X-PLOR精密化
精密化手法: DG-SA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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