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万見
- PDB-2r33: Crystal structure of a Bowman-Birk inhibitor from Vigna unguicula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r33
タイトルCrystal structure of a Bowman-Birk inhibitor from Vigna unguiculata seeds
要素Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor
キーワードPLANT PROTEIN / BOWMAN-BIRK PROTEASE INHIBITOR / VIGNA UNGUICULATA / PLANT-PIS / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / Serine protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vigna unguiculata (マメ科)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rao, K.N. / Suresh, C.G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2007
タイトル: Bowman-Birk protease inhibitor from the seeds of Vigna unguiculata forms a highly stable dimeric structure.
著者: Rao, K.N. / Suresh, C.G.
履歴
登録2007年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年11月27日ID: 2OT6
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequence of this inhibitor matching its molecular weight 8.1 kDa was determined using ...SEQUENCE The sequence of this inhibitor matching its molecular weight 8.1 kDa was determined using partial N-terminal sequencing and with the help of electron density map combined with sequences of isoinhibitors reported previously from the same source and considering the possible cleavage at C-terminal. The sequence here differs with the P17734 entry in the Swissprot database in amino acid positions 20, 23, 33, 50, 60 and 62 as clearly seen from the electron density map. Also, IN THE N-TERMINAL ABOUT 16 RESIDUES are missing and in the C-terminal beyond residue 74 is possibly cleaved, as inferred from electron density map and molecular weight. Thus, we believe that the inhibitor whose structure reported here is a modified isoform of the deposited sequence P17734.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor
B: Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0062
ポリマ－16,0062
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.510, 61.430, 32.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor / BTCI


分子量: 8003.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna unguiculata (マメ科) / 参照: UniProt: Q4VVG2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 30% SATURATED AMMONIUM SULFATE 0.1M CITRATE-PHOSPHATE, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 4072 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 51.9 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC3.4精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEITデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: X-RAY COORDINATES OF BOWMAN-BIRK INHIBITOR FROM ADZUKI BEAN

解像度: 2.5→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 177 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs-4072 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数802 0 0 58 860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.021.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.932
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it42
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.542.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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