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- PDB-1dp2: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN RHODANESE AND LIPOATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dp2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN RHODANESE AND LIPOATE
要素RHODANESE
キーワードTRANSFERASE / Rhodanese / liopate / sulfurtransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA transport / 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / rRNA import into mitochondrion / 5S rRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Sulfurtransferase TST/MPST-like / Rhodanese signature 1. / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily ...Sulfurtransferase TST/MPST-like / Rhodanese signature 1. / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-[(3S)-1,2-dithiolan-3-yl]pentanoic acid / Thiosulfate sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Zanotti, G. / Cianci, M.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2000
タイトル: Specific interaction of lipoate at the active site of rhodanese.
著者: Cianci, M. / Gliubich, F. / Zanotti, G. / Berni, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: THE STRUCTURE OF BOVINE LIVER RHODANESE. II. THE ACTIVE SITE IN THE SULFUR-SUBSTITUTED AND THE SULFUR-FREE ENZYME
著者: Ploegman, J.H. / Drenth, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: ACTIVE SITE STRUCTURAL FEATURES FOR CHEMICALLY MODIFIED FORMS OF RHODANESE
著者: Gliubich, F. / Berni, R. / Colapietro, M. / Barba, L. / Zanotti, G.
履歴
登録1999年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHODANESE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1902
ポリマ－32,9831
非ポリマー2061
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.36, 49.31, 41.68
Angle α, β, γ (deg.)90, 99.6, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RHODANESE


分子量: 32983.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00586, thiosulfate sulfurtransferase
#2: 化合物 ChemComp-LPB / 5-[(3S)-1,2-dithiolan-3-yl]pentanoic acid


分子量: 206.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystals were obtained from ammonium sulfate. After soaking with 28% PEG 6000, 40 mM phosphate buffer, pH=7, 4 mM DL-lipoate was added , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 詳細: Gliubich, F., (1996), J. Biol. Chem., 271, 21054.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.8-1.9 Mammonium sulfate1reservoir
230 mMsodium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→55 Å / Num. all: 18241 / Num. obs: 18062 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.01→2.2 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Num. unique all: 3174 / % possible all: 68
反射
*PLUS
Num. obs: 18241 / Num. measured all: 42252
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
FRAMBOデータ収集
SAINTデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.01→55 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Param19X.pro (XPLOR)
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.23 875 random
Rwork0.17 --
all0.185 18241 -
obs0.17 18062 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 12 112 2451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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