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- PDB-1dok: MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1, P-FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dok
タイトルMONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1, P-FORM
要素MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1
キーワードCHEMOATTRACTANT / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / negative regulation of glial cell apoptotic process / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress ...helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / negative regulation of glial cell apoptotic process / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / cellular homeostasis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Interleukin-10 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / humoral immune response / cellular response to interleukin-1 / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / sensory perception of pain / cytoskeleton organization / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / viral genome replication / animal organ morphogenesis / response to bacterium / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell activation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell shape / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Bujacz, G. / Boque, L. / Wlodawer, A. / Domaille, P.J. / Handel, T.M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The structure of MCP-1 in two crystal forms provides a rare example of variable quaternary interactions.
著者: Lubkowski, J. / Bujacz, G. / Boque, L. / Domaille, P.J. / Handel, T.M. / Wlodawer, A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Heteronuclear (1H, 13C, 15N) NMR Assignments and Solution Structure of the Monocyte Chemoattractant Protein-1 (Mcp-1) Dimer
著者: Handel, T.M. / Domaille, P.J.
履歴
登録1996年11月27日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1
B: MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8534
ポリマ－17,6602
非ポリマー1922
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
2
A: MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1
B: MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1
B: MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7058
ポリマ－35,3214
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area6750 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.740, 50.740, 107.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.652315, -0.596164, 0.468052), (-0.546077, -0.058591, -0.835684), (0.525628, -0.800722, -0.287332)
ベクター: 35.99238, 84.54701, 71.81376)

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要素

#1: タンパク質 MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1 / MCP-1 / MCAF


分子量: 8830.239 Da / 分子数: 2
変異: N-TERMINAL METHIONINE NOT REMOVED POST-TRANSLATIONALLY
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13500
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE MET 0 IS AN ARTIFACT OF EXPRESSION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 %
解説: INITIAL MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT WAS MODIFIED AS DESCRIBED IN JOURNAL ARTICLE.
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS BUFFER PH 7.5-8 EQUILIBRATED AGAINST 50-55% AMMONIUM SULFATE USING HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD., pH 8.0, vapor diffusion - hanging drop
PH範囲: 7.5-8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
350-55 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月5日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→10 Å / Num. obs: 12318 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.59 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.82 % / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Rsym value: 0.363 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.7 % / Rmerge(I) obs: 0.363

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DOM

1dom


解像度: 1.85→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
詳細: REFLECTIONS FOR R-FREE TEST SELECTED IN 10.0 - 2.0 A RESOLUTION RANGE. THE TWO CHAINS WERE REFINED INDEPENDENTLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 572 7 %RANDOM, UP TO 2.0 A
Rwork0.191 ---
obs0.191 12308 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1152 0 10 116 1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.74
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.191.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.322.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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