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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dmg | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN L4 | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN L4 | ||||||
![]() | GENE REGULATION / ALPHA-BETA / RIBOSOMAL PROTEIN / L4 / RIBOSOME / RNA / S10 OPERON | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Worbs, M. / Huber, R. / Wahl, M.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of ribosomal protein L4 shows RNA-binding sites for ribosome incorporation and feedback control of the S10 operon. 著者: Worbs, M. / Huber, R. / Wahl, M.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 387 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 388.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25690.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET22B+ / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.8 詳細: PEG400, AMMONIUM ACETATE, CITRATE, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→15 Å / Num. all: 25013 / Num. obs: 23468 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / % possible all: 88 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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