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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dll | |||||||||
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タイトル | The HC fragement of tetanus toxin complexed with lactose | |||||||||
![]() | TETANUS TOXIN | |||||||||
![]() | TOXIN / Beta trefoil / Jelly roll | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / symbiont-mediated suppression of host exocytosis / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis ...tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / symbiont-mediated suppression of host exocytosis / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Emsley, P. / Fotinou, C. / Black, I. / Fairweather, N.F. / Charles, I.G. / Watts, C. / Hewitt, E. / Isaacs, N.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structures of the H(C) fragment of tetanus toxin with carbohydrate subunit complexes provide insight into ganglioside binding. 著者: Emsley, P. / Fotinou, C. / Black, I. / Fairweather, N.F. / Charles, I.G. / Watts, C. / Hewitt, E. / Isaacs, N.W. #1: ![]() タイトル: Structure of the Receptor Binding Fragment HC of Tetanus Neurotoxin 著者: Umland, T.C. / Wingert, L.M. / Swaminathan, S. / Fury, W.F. / Schmitt, J.J. / Sax, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 777.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 791 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50476.918 Da / 分子数: 1 / 断片: RECEPTOR BINDING FRAGMENT HC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: imidazole, sodium chloride, ammonium sulphate, PEG4000, 2-methyl-2,4-pentane-diol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 96 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 226864 / Num. obs: 54336 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -467.3 / Observed criterion σ(I): -702.5 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.87 Å / 冗長度: 0.8 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Num. unique all: 3951 / % possible all: 58.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 226864 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): -456.3 / σ(I): -702.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Rfactor obs: 0.201 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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