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- PDB-1dl3: CRYSTAL STRUCTURE OF MUTUALLY GENERATED MONOMERS OF DIMERIC PHOSP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dl3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MUTUALLY GENERATED MONOMERS OF DIMERIC PHOSPHORIBOSYLANTRANILATE ISOMERASE FROM THERMOTOGA MARITIMA
要素PROTEIN (PHOSPHORIBOSYLANTRANILATE ISOMERASE)
キーワードISOMERASE / OLIGOMERISATION / THERMOSTABILITY / THERMOTOGA MARITIMA / PROTEIN ENGINEERING / DIMER EVOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylanthranilate isomerase / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase family / N-(5'phosphoribosyl) anthranilate isomerase (PRAI) domain / N-(5'phosphoribosyl)anthranilate (PRA) isomerase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Thoma, R. / Hennig, M. / Sterner, R. / Kirschner, K.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Structure and function of mutationally generated monomers of dimeric phosphoribosylanthranilate isomerase from Thermotoga maritima.
著者: Thoma, R. / Hennig, M. / Sterner, R. / Kirschner, K.
履歴
登録1999年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYLANTRANILATE ISOMERASE)
B: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYLANTRANILATE ISOMERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1394
ポリマ－45,9472
非ポリマー1922
水57632
1
A: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYLANTRANILATE ISOMERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0692
ポリマ－22,9731
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (PHOSPHORIBOSYLANTRANILATE ISOMERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0692
ポリマ－22,9731
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.680, 94.650, 46.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PHOSPHORIBOSYLANTRANILATE ISOMERASE)


分子量: 22973.348 Da / 分子数: 2 / 変異: A25Y,F55E,I101W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
プラスミド: PET11C-TTRPF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: ENGINEERED MUTATION
参照: UniProt: Q56320, phosphoribosylanthranilate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 MM EDTA 0.5 MM DTT 0.1 M HEPES/NAOH 16.7 MG/ML PROTEIN 0.75 M POTASSIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE 0.75 M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116.7 mg/mlprotein1drop
220 mMpotassium phosphate1drop
31 mMEDTA1drop
40.5 mMdithiothreitol1drop
50.75 Mpotassium dihydrogen phosphate1reservoir
60.75 Msodium dihydrogen phosphate1reservoir
70.1 MHEPES-NaOH1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 51809 / Num. obs: 11375 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 51809
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.317

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 500 -RANDOM
Rwork0.175 ---
all-51809 --
obs-11375 99.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3086 0 10 32 3128
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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