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- PDB-1dkf: CRYSTAL STRUCTURE OF A HETERODIMERIC COMPLEX OF RAR AND RXR LIGAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dkf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A HETERODIMERIC COMPLEX OF RAR AND RXR LIGAND-BINDING DOMAINS
要素
  • PROTEIN (RETINOIC ACID RECEPTOR-ALPHA)
  • PROTEIN (RETINOID X RECEPTOR-ALPHA)
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / HELICAL SANDWICH / HETERODIMER / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Signaling by Retinoic Acid / Sertoli cell fate commitment / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of binding / SUMOylation of intracellular receptors / trachea cartilage development ...Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Signaling by Retinoic Acid / Sertoli cell fate commitment / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of binding / SUMOylation of intracellular receptors / trachea cartilage development / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / visceral serous pericardium development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / mesenchyme development / Endogenous sterols / positive regulation of translational initiation by iron / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / maternal placenta development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / glandular epithelial cell development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / prostate gland development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / negative regulation of cartilage development / retinoic acid-responsive element binding / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / cardiac muscle cell differentiation / outflow tract septum morphogenesis / camera-type eye development / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / response to vitamin A / limb development / apoptotic cell clearance / regulation of myelination / Signaling by Retinoic Acid / ureteric bud development / cardiac muscle cell proliferation / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity / protein kinase A binding / nuclear steroid receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / heterocyclic compound binding / positive regulation of interleukin-4 production / alpha-actinin binding / face development / germ cell development / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to estrogen stimulus / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / heart morphogenesis / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / positive regulation of cell cycle / hormone-mediated signaling pathway / embryo implantation / response to cytokine / positive regulation of neuron differentiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / negative regulation of miRNA transcription / liver development / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / female pregnancy / neural tube closure / placenta development / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / multicellular organism growth / regulation of synaptic plasticity / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / mRNA 5'-UTR binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BMS / OLEIC ACID / Retinoic acid receptor alpha / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bourguet, W. / Vivat, V. / Wurtz, J.M. / Chambon, P. / Gronemeyer, H. / Moras, D. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a heterodimeric complex of RAR and RXR ligand-binding domains.
著者: Bourguet, W. / Vivat, V. / Wurtz, J.M. / Chambon, P. / Gronemeyer, H. / Moras, D.
履歴
登録1999年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.62021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RETINOID X RECEPTOR-ALPHA)
B: PROTEIN (RETINOIC ACID RECEPTOR-ALPHA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3014
ポリマ－52,5682
非ポリマー7332
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.600, 116.600, 207.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RETINOID X RECEPTOR-ALPHA) / RXR-ALPHA


分子量: 25968.055 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28700
#2: タンパク質 PROTEIN (RETINOIC ACID RECEPTOR-ALPHA) / RAR-ALPHA


分子量: 26600.010 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10276
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-BMS / 4-[(4,4-DIMETHYL-1,2,3,4-TETRAHYDRO-[1,2']BINAPTHALENYL-7-CARBONYL)-AMINO]-BENZOIC ACID


分子量: 450.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H26N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.27 %
結晶化pH: 7.25 / 詳細: PEG 10000, pH 7.25
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein11
2PEG1000011

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 29168 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.262 1286 RANDOM
Rwork0.203 --
obs0.203 26091 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3532 0 54 157 3743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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