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- PDB-1dj0: THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PSEUDOURIDINE SYNTHASE I AT 1.5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dj0
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PSEUDOURIDINE SYNTHASE I AT 1.5 ANGSTROM RESOLUTION
要素PSEUDOURIDINE SYNTHASE I
キーワードLYASE / ALPHA/BETA FOLD / RNA-BINDING MOTIF / RNA-MODIFYING ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine(38-40) synthase activity / tRNA pseudouridine38-40 synthase / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase I, catalytic domain, C-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, TruA / Pseudouridine synthase I, TruA, C-terminal / Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain / tRNA pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA pseudouridine synthase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Foster, P.G. / Huang, L. / Santi, D.V. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The structural basis for tRNA recognition and pseudouridine formation by pseudouridine synthase I.
著者: Foster, P.G. / Huang, L. / Santi, D.V. / Stroud, R.M.
履歴
登録1999年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSEUDOURIDINE SYNTHASE I
B: PSEUDOURIDINE SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5194
ポリマ－59,4482
非ポリマー712
水8,413467
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.080, 37.400, 103.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PSEUDOURIDINE SYNTHASE I


分子量: 29723.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07649, pseudouridylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 6.5 / 詳細: MES BUFFER, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 33 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11-2 mg/mlprotein11
220 mMHEPES11
3150 mM11KCl
420 mMMES12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2851
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンSSRL BL7-121.08
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE1996年8月25日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1997年4月30日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.081
反射解像度: 1.5→38 Å / Num. all: 83465 / Num. obs: 79453 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.07 % / Biso Wilson estimate: 17.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.43 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 92.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 244026
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.5→38 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: USED WEIGHTED FULL MATRIX LEAST SQUARES PROCEDURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3784 -RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.162 83465 --
obs0.162 79453 95.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4194 0 2 467 4663
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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