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万見
- PDB-1dix: CRYSTAL STRUCTURE OF RNASE LE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dix
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RNASE LE
要素EXTRACELLULAR RIBONUCLEASE LE
キーワードHYDROLASE / ALPHA PLUS BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T2 / ribonuclease T2 activity / RNA catabolic process / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease T2, eukaryotic / Ribonuclease T2, His active site 1 / Ribonuclease T2 family histidine active site 1. / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2 family / Ribonuclease Rh; Chain A / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily ...Ribonuclease T2, eukaryotic / Ribonuclease T2, His active site 1 / Ribonuclease T2 family histidine active site 1. / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2 family / Ribonuclease Rh; Chain A / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular ribonuclease LE
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Tanaka, N. / Nakamura, K.T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a plant ribonuclease, RNase LE.
著者: Tanaka, N. / Arai, J. / Inokuchi, N. / Koyama, T. / Ohgi, K. / Irie, M. / Nakamura, K.T.
#1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1999
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Studies of Ribonuclease LE from Lycopersicon esculentum
著者: Tanaka, N. / Arai, J. / Inokuchi, N. / Koyama, T. / Ohgi, K. / Irie, M. / Nakamura, K.T.
履歴
登録1999年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXTRACELLULAR RIBONUCLEASE LE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9121
ポリマ－22,9121
非ポリマー00
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.02, 78.79, 32.93
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EXTRACELLULAR RIBONUCLEASE LE


分子量: 22912.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P80022, EC: 3.1.27.1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG1540, CITRATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
220 mMcitrate1drop
336 %(w/v)PEG15401reservoir
40.1 Mcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→100 Å / Num. all: 144121 / Num. obs: 22385 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射
*PLUS
Num. measured all: 144121 / Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.65→40 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rfree0.278 -
Rwork0.219 -
obs-22353
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 0 136 1748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.05
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 1 / Num. reflection Rfree: 2296 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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