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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1diw | ||||||
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タイトル | THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH GALACTOSE | ||||||
![]() | TETANUS TOXIN HC | ||||||
![]() | TOXIN / BETA TREFOIL / JELLY-ROLL | ||||||
機能・相同性 | ![]() tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding ...tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Emsley, P. / Fotinou, C. / Black, I. / Fairweather, N.F. / Charles, I.G. / Watts, C. / Hewitt, E. / Isaacs, N.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structures of the H(C) fragment of tetanus toxin with carbohydrate subunit complexes provide insight into ganglioside binding. 著者: Emsley, P. / Fotinou, C. / Black, I. / Fairweather, N.F. / Charles, I.G. / Watts, C. / Hewitt, E. / Isaacs, N.W. #1: ![]() タイトル: Structure of the Receptor Binding Fragment HC of Tetanus Neurotoxin 著者: Umland, T.C. / Wingert, L.M. / Swaminathan, S. / Fury, W.F. / Schmidt, J.J. / Sax, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 400.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50518.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-GAL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: IMIDAZOLE, SODIUM CHLORIDE, AMMONIUM SULPHATE, PEG4000, 2-METHYL-2,4-PENTANE- DIOL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 92 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.92 Å / Num. all: 37419 / Num. obs: 37419 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): -97.6 / Observed criterion σ(I): -97.6 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.8 % / Num. measured all: 145911 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→27.9 Å / σ(F): -96.5 / σ(I): -96.5 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.9 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.216 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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