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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dhk | ||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC ALPHA-AMYLASE | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (HYDROLASE/INHIBITOR) / PANCREATIC ALPHA-AMYLASE / PORCINE / LECTIN-LIKE INHIBITOR / COMPLEX (HYDROLASE-INHIBITOR) / COMPLEX (HYDROLASE-INHIBITOR) complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-amylase inhibitor activity / alpha-amylase / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / chloride ion binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) Phaseolus vulgaris (インゲン) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bompard-Gilles, C. / Payan, F. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Substrate mimicry in the active center of a mammalian alpha-amylase: structural analysis of an enzyme-inhibitor complex. 著者: Bompard-Gilles, C. / Rousseau, P. / Rouge, P. / Payan, F. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Pig Pancreatic Alpha-Amylase in Complex with a Bean Lectin-Like Inhibitor 著者: Gilles, C. / Rousseau, P. / Rouge, P. / Payan, F. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: The Active Center of a Mammalian Alpha-Amylase. Structure of the Complex of a Pancreatic Alpha-Amylase with a Carbohydrate Inhibitor Refined to 2.2-A Resolution 著者: Qian, M. / Haser, R. / Buisson, G. / Duee, E. / Payan, F. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Structure and Molecular Model Refinement of Pig Pancreatic Alpha-Amylase at 2.1 A Resolution 著者: Qian, M. / Haser, R. / Payan, F. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dhk.cif.gz | 197.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dhk.ent.gz | 155.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dhk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dhk_validation.pdf.gz | 544.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dhk_full_validation.pdf.gz | 554.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dhk_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dhk_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/1dhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/1dhk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | ALPHA-AI IS A DIMERIC MOLECULE (I2) CONSISTING OF TWO IDENTICAL SUBUNITS. IT BINDS TWO AMYLASE MOLECULES (2E) TO FORM A DIMERIC COMPLEX E2I2. HOWEVER, THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CORRESPONDS TO HALF THE COMPLEX MOLECULE (EI). IN THIS ENTRY, COORDINATES FOR ALL ATOMS ARE PROVIDED FOR ONE CHAIN OF AMYLASE AND ONE CHAIN OF ALPHA-AI. |
-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55400.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00690, alpha-amylase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24813.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P02873 |
-糖 , 2種, 3分子
#3: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 3種, 326分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.928 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.928 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 66769 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 35 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PPA NATIVE AND LECTIN FROM SEEDS OF LATHYRUS OCHRUS 解像度: 1.85→8 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati sigma a obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
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拘束条件 |
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