[日本語] English
万見
- PDB-1dfx: DESULFOFERRODOXIN FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS, ATCC 27774 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dfx
タイトルDESULFOFERRODOXIN FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS, ATCC 27774
要素DESULFOFERRODOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / NON-HEME IRON PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide reductase / superoxide reductase activity / removal of superoxide radicals / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Desulfoferrodoxin / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain superfamily / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / : / Desulfoferrodoxin / Immunoglobulin-like ...Desulfoferrodoxin / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain superfamily / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / : / Desulfoferrodoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Desulfoferrodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / MULTIPLE WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION (MAD) / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Coelho, A.V. / Matias, P.M. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1997
タイトル: Desulfoferrodoxin Structure Determined by MAD Phasing and Refinement to 1.9 Angstroms Resolution Reveals a Unique Combination of a Tetrahedral Fes4 Centre with a Square Pyramidal Fesn4 Centre
著者: Coelho, A.V. / Matias, P. / Fulop, V. / Thompson, A. / Gonzalez, A. / Carrondo, M.A.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of the Oxidized Form of a Two Mono-Nuclear Iron Centres Protein from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774
著者: Coelho, A.V. / Matias, P.M. / Carrondo, M.A. / Tavares, P. / Moura, J.J. / Moura, I. / Fulop, V. / Hajdu, J. / Le Gall, J.
履歴
登録1997年9月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DESULFOFERRODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0564
ポリマ－13,9041
非ポリマー1523
水1,27971
1
A: DESULFOFERRODOXIN
ヘテロ分子

A: DESULFOFERRODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1118
ポリマ－27,8082
非ポリマー3046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area3440 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.500, 112.500, 63.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-150-

CA

-
要素

#1: タンパク質 DESULFOFERRODOXIN


分子量: 13903.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
参照: UniProt: P22076
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: MAD DATA COLLECTED AT ESRF BM-14
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 0.1 M HEPES, CACL2 0.2 M, PH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Coelho, A.V., (1996) Protein Sci., 5, 1189.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 %(w/v)PEG40001reservoir
20.1 MHEPES1reservoir
30.2 M1reservoirCaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.994
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 11867 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 25678
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-93モデル構築
SHELXL-93精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-93位相決定
精密化構造決定の手法: MULTIPLE WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION (MAD)
解像度: 1.9→20 Å / Num. parameters: 4254 / Num. restraintsaints: 3852 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: THE REFINEMENT WAS STARTED WITH X-PLOR. NO GEOMETRICAL RESTRAINTS WERE IMPOSED BETWEEN THE IRON ATOMS AND THEIR LIGANDS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 689 5 %RANDOM
all0.2 13564 --
obs0.2 -97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeOccupancy sum non hydrogen: 1027
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数974 0 3 71 1048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.274
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.083
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.141
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg30.7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る