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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dfx | ||||||
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タイトル | DESULFOFERRODOXIN FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS, ATCC 27774 | ||||||
![]() | DESULFOFERRODOXIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / NON-HEME IRON PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() superoxide reductase / superoxide reductase activity / removal of superoxide radicals / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Coelho, A.V. / Matias, P.M. / Carrondo, M.A. | ||||||
![]() | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1997 タイトル: Desulfoferrodoxin Structure Determined by MAD Phasing and Refinement to 1.9 Angstroms Resolution Reveals a Unique Combination of a Tetrahedral Fes4 Centre with a Square Pyramidal Fesn4 Centre 著者: Coelho, A.V. / Matias, P. / Fulop, V. / Thompson, A. / Gonzalez, A. / Carrondo, M.A. #1: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of the Oxidized Form of a Two Mono-Nuclear Iron Centres Protein from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 著者: Coelho, A.V. / Matias, P.M. / Carrondo, M.A. / Tavares, P. / Moura, J.J. / Moura, I. / Fulop, V. / Hajdu, J. / Le Gall, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13903.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P22076 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: MAD DATA COLLECTED AT ESRF BM-14 | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 0.1 M HEPES, CACL2 0.2 M, PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Coelho, A.V., (1996) Protein Sci., 5, 1189. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年10月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.994 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 11867 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 25678 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MULTIPLE WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION (MAD) 解像度: 1.9→20 Å / Num. parameters: 4254 / Num. restraintsaints: 3852 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: THE REFINEMENT WAS STARTED WITH X-PLOR. NO GEOMETRICAL RESTRAINTS WERE IMPOSED BETWEEN THE IRON ATOMS AND THEIR LIGANDS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Occupancy sum non hydrogen: 1027 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-93 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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