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万見
- PDB-1df8: S45A MUTANT OF STREPTAVIDIN IN COMPLEX WITH BIOTIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1df8
タイトルS45A MUTANT OF STREPTAVIDIN IN COMPLEX WITH BIOTIN
要素PROTEIN (STREPTAVIDIN)
キーワードBINDING PROTEIN / BIOTIN BINDING PROTEIN / BIOTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Hyre, D.E. / Le Trong, I. / Freitag, S. / Stenkamp, R.E. / Stayton, P.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Ser45 plays an important role in managing both the equilibrium and transition state energetics of the streptavidin-biotin system.
著者: Hyre, D.E. / Le Trong, I. / Freitag, S. / Stenkamp, R.E. / Stayton, P.S.
履歴
登録1999年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0194
ポリマ－26,5312
非ポリマー4892
水5,765320
1
A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0398
ポリマ－53,0614
非ポリマー9774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area11590 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,07716
ポリマ－106,1238
非ポリマー1,9548
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.200, 93.900, 104.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-479-

HOH

21B-372-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (STREPTAVIDIN) / CORE STREPTAVIDIN


分子量: 13265.336 Da / 分子数: 2 / 断片: CORE, RESIDUES 13-139 / 変異: S45A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化温度: 294 K / pH: 4.5
詳細: 40% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.5, temperature 294.K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 %satammonium sulfate11
20.1 Msodium acetate11
33.8 mMbiotin11

-
データ収集

回折平均測定温度: 127 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→10 Å / Num. all: 167399 / Num. obs: 30427 / % possible obs: 82.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 2.15
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / % possible all: 4
反射
*PLUS
Num. measured all: 167399

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SWA

1swa


解像度: 1.51→10 Å / Num. parameters: 872 / Num. restraintsaints: 795 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3029 10 %RANDOM
Rwork0.169 ---
all0.166 30289 --
obs0.162 30289 84.5 %-
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 1695 / Occupancy sum non hydrogen: 2129
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 32 320 2130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 30298 / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.169 / Rfactor obs: 0.165 / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_planar_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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